A társaság elnöksége nevében Náray-Szabó Gábor elnök Palkovics László innovációs és technológiai miniszternek és Lovász Lászlónak, a Magyar Tudományos Akadémia elnökének írt levelet. Ebben a Professzorok Batthyány Köre "a bevált brit és német modellt" alapul véve azt javasolja, hogy az MTA és az Innovációs és Technológiai Minisztérium
hozzon létre egy alapítványt, amely átveszi az akadémiai intézethálózat fenntartását és működtetését, egyúttal biztosítja a kellő tudományos autonómiát.
Az új struktúra paritásos elven működhetne, ahol az irányító-felügyelő testületbe a kormány, míg a szakmai-tudományos testületbe az Akadémia delegálná a tagok többségét - írták.
A működés további alapját az állammal kötendő,
a jelenleginél magasabb szintű finanszírozási szerződés teremthetné meg - tették hozzá.
Tudománypolitikai szempontból kívánatosnak nevezték, hogy az új szervezeti modell a korábbinál egyre magasabb szintű ellátást biztosítson a kutatás-fejlesztésnek és az innovációnak, kiemelve: "kiváló kutatás nem képzelhető el alapfinanszírozás nélkül".
A kutatói pálya vonzóbbá tételére hosszabb, évtizedes távlatban tervezhető életpályamodellt javasoltak.
Az MTA által megkezdett szerkezeti átvilágítást a profiltisztítás biztató lépésének nevezte a Professzorok Batthyány Körének elnöksége.
A meghatározó kutatási infrastruktúrájú és letisztult kutatási profilú intézetek működtetése hatékonyabb lehet egy erre a célra létrehozott kutatóhálózati szervezetben. Egyedi esetekben - ha erre megvan a fogadókészség és a csatlakozási szándék is -, legyen lehetséges egy-egy intézet befogadása a megfelelő felsőoktatási intézményben - tették hozzá.
A Professzorok Batthyány Köre bízik abban, hogy az MTA és az ITM álláspontjai közelíthetők, és azt kérték, fontolják meg javaslataikat.