Az első sikeres magyar a zöld-fehér klubban a ma már kevéssé ismert Künsztler József volt. Azért hívták a Panathinaikoszhoz, hogy modernizálja a csapatot, amelynek addig lényegében nem volt igazi edzője, a tréningeket a régi futballisták tartották. Szinte minden percét a csapatnak szentelte, a Leoforosz Alexandraszon lévő stadion volt az otthona, mivel a Panathinaikosz vezetősége szobát adott neki a stadion 11-es kapujánál, ott lakott a feleségével. Két részletben dirigálta a PAO-t (1928–1934, 1936–1939), egyszeres görög (1930), hatszoros athéni bajnok (1929, 1930, 1931, 1934, 1937, 1939) lett a csapattal.

1967 nyarán került egy újabb magyar, Guttmann Béla a Panathinaikoszhoz. Rossz időben, írhatjuk, mert különösen zavaros volt az az esztendő a görög belpolitikai életben. Az áprilisi katonai puccs után Georgiosz Papadopulosz ezredes vette át a hatalmat, nem sokkal később felfüggesztették az alkotmányt. A csapata nem volt acélos (a Bayern Münchentől 5:0-ra kikapott a Kupagyőztesek Európa-kupája első fordulójában), a helyzet pedig mindennek számított, csak megnyugtatónak nbem, ezért aztán három hónap után a magyar edző távozott.

Érkezett aztán Puskás Ferenc, aki 1970. július elseje és 1974. szeptember 4. között 136 bajnoki találkozón vezette a csapatot, ezekből 89-et megnyert, 65 százalékos győzelmi mutatóval. Több mint húsz éven keresztül nem tudta ezt egyetlen Panathinaikosz edző felülmúlni, legalábbis azok közül, akik legalább egy teljes idényt kitöltöttek a klubnál. A Panathinaikosz korábbi játékosa, az argentin Juan Ramón Rocha múlta fel Puskás teljesítményét. Legalábbis, ami a bajnoki szereplést illeti. Mert azt azóta sem tudta senki, hogy az Aranycsapat kapitánya a Bajnokcsapatok Európa-kupájának döntőjébe vitte el a csapatot, ráadásul, miután az Ajax nem állt ki az uruguayi Nacional elleni döntőre, a Panathinaikosz a Világkupa-döntőben is szerepelt.

Puskás óta két magyar anyanyelvű edzője volt a Panathinaikosznak, két erdélyi, Kovács István (1982–1983) és Bölöni László (2020–2021),

Játékosként Esterházy Márton húzta fel első magyarként a Panathinaikosz szerelését (1987), őt Fitos József követte 1989-ben. Hosszabb szünet után Torghelle Sándor (2005–2006) következett, majd Rudolf Gergely (2011–2012). Kleinheisler László előtt Nagy Dominik volt az utolsó magyar, 2020 első felében.

Kleinheisler László, aki pályafutása során az ötödik ország élvonalában futballozik majd, már meg is találta Puskás Ferenc fotóját a klubházban.