1 °C
Az új év első szenzációjának tűnt, amikor Leondios Kostrikis ciprusi virológus egy helyi tévécsatorna műsorán jelentette be, hogy a nicosiai Ciprusi Egyetemen egy, a delta és az omikron tulajdonságait egyesítő variánsra, a deltakronra bukkant.
25 szekvenciát már aznap feltöltötték a GISAID adatbázisba, 27 továbbit pedig néhány nappal később. A Bloomberg felkapta a sztorit, és egy nappal a bejelentést követően, január 8-án a deltakron már a nemzetközi hírekben szerepelt.
Azonnal cáfolták
A tudományos közösség válasza azonnali volt: sok szakember azonnal jelezte mind a sajtóban, mind pedig közösségi oldalain is, hogy az 52 szekvencia egyáltalán nem utal arra, hogy új variáns született volna, azok nem rekombináció, hanem a laborban bekövetkezett szennyeződés eredményei.
"A #Deltakron nem létezik. Az #Omikron és a #Delta NEM alkotott szuperváltozatot"
- twittelte január 9-én Krutika Kuppalli, az Egészségügyi Világszervezet koronavírus technikai csoportjának tagja a Dél-Karolinai Orvosi Egyetemről, Charlestonból.
Egyes kutatók elismerően nyilatkoznak a rendszerről, amely hamar kiszúrt egy szekvenálási hibát, mások arra hívják fel a figyelmet, hogy az események a félretájékoztatással kapcsolatos figyelmeztető példákként szolgálnak. Kostrikis azt állítja, félreértelmezték eredeti hipotézisét, ő sosem állította, hogy a két variáns hibridjét fedezte fel a szekvenált mintákban. Mindenesetre 72 órával feltöltésük után további vizsgálatig eltávolította a feltöltött szekvenciákat.
A hiba gyakori
Önmagában a szekvenálási hiba léte nem meglepő Cheryl Bennett, a GISAID Alapítvány washingtoni irodájának munkatársa szerint, mivel 2020 januárja óta több mint 7 millió SARS-CoV-2 genomot töltöttek fel a GISAID adatbázisába.
"Az adatokból elhamarkodott következtetéseket levonni egyetlen járvány kitörése esetén sem hasznos" - mondja.
A deltakron-szekvenciákat olyan vírusmintákból állították elő, amelyeket Kostrikis és csapata decemberben szerzett a variánsok ciprusi terjedésének nyomon követésére tett erőfeszítések részeként. Néhány szekvencia vizsgálata során a kutatók egy omikron-szerű genetikai jellegzetességet találtak a tüskefehérjében, amely segíti a vírust a sejtekbe való bejutásban.
Kostrikis magyarázkodik
A Nature-nek küldött e-mailben Kostrikis azt fejtette ki, hogy kezdeti hipotézise szerint néhány delta-vírusrészecskében az omikronhoz hasonló mutációk fejlődtek ki. Más tudósok rámutattak egy másik lehetőségre: a laboratóriumi hibára.
Bármely genom szekvenálása primerektől függ - rövid, mesterséges DNS-darabkáktól, amelyek a célszekvenciához kötődve a szekvenálás kiindulópontjaként szolgálnak. A deltának azonban van egy olyan mutációja a tüskefehérjében, amely csökkenti egyes primerek kötődési képességét, így nehezebbé teszi a genom ezen régiójának szekvenálását. Az omikron nem tartalmazza ezt a mutációt, így ha szennyeződés miatt omikron-részecskék keveredtek a mintába, akkor a szekvenált tüskefehérje az Omicronéhoz hasonlónak tűnhet - mondja Jeremy Kamil, a Louisiana State University Health Shreveport virológusa. Szerinte az ilyen típusú szennyeződés "nagyon-nagyon gyakori".
Mindenképp félrevezető a név
Kostrikis ugyanakkor azt állítja, hogy ha a deltakron szennyeződés eredménye lenne, a szekvenálásnak az omikron szekvenciáiban delta-szerű mutációkat kellett volna felfedeznie, mivel az omikron rendelkezik saját primer-akadályozó mutációval. Hozzáte, hogy a deltakron keletkezésével kapcsolatos
szennyeződésről szóló érvelést a közösségi média vezette fel
anélkül, hogy figyelembe vették volna a teljes adatainkat, illetve anélkül, hogy valódi, szilárd bizonyítékot szolgáltattak volna arra, hogy elképzelése nem helytálló.
Más kutatók azonban arra is rámutattak, hogy még ha a szekvenciák nem is szennyeződésből származnak, a Kostrikis által azonosított mutációk nem kizárólag az omikronra jellemzőek, más változatokban is megtalálhatók, így a deltakron némiképp félrevezető elnevezés.
A sajtóérdeklődés terjesztette el a tévhitet
Thomas Peacock, a londoni Imperial College virológusa szerint a GISAID tele van olyan szekvenciákkal, amelyek más változatokban látható szekvenciák elemeit tartalmazzák, de ezeket nem kell cáfolni, mert nem kapnak nemzetközi sajtót.
"A tudósoknak nagyon óvatosnak kell lenniük azzal, hogy mit mondanak"
- mondta a Nature-nek egy virológus, aki névtelen akart maradni, hogy ne keveredjen bele a vitába.
Kostrikis szerint folyamatban van a világ neves tudósai által a közelmúltban tett bejelentéssel kapcsolatban kifejtett valamennyi kritikus vélemény kivizsgálása. Azt mondja, tervezi, hogy a kutatást szakértői véleményezésre is benyújtja. Kamil és más kutatók azonban attól tartanak: az ilyen esetek miatt az időérzékeny adatok megosztásával kapcsolatosan sokan habozni kezdenek majd.
