A főpap azt követően kérte felmentését, hogy több vád merült fel ellene még abból az időből, amikor plébánosként egy Ingolstadt környéki kisváros egyházi tulajdonban lévő árvaházának lelki vezetője volt. A rá bízott vagyon hűtlen kezelésével és a fiatalok durva fenyítésével kapcsolatos állítások tisztázására az ingolstadti államügyészség nyomozást folytat, de annyit máris megállapított, hogy alaptalan a szexuális bűncselekmények gyanúja.

A vádak tagadása során Mixa ismételten ellentmondásokba keveredett, majd úgy döntött, hogy felmentését kéri a pápától. Ennek elfogadása után azonban váratlanul visszaköltözött az augsburgi püspöki palotába, és nyilatkozatban állította, hogy a püspöki kar nyomására mondott le, és felmentésének revízióját kéri a Vatikántól.

A német püspöki kar ezt követően erősítette meg, hogy saját vizsgálatára alapuló dossziét állított össze Walter Mixáról. Ebben egyebek között a főpap alkoholproblémái és fiatal papoknak tett szexuális ajánlatai szerepelnek. A dosszié tartalmazza azt a megállapítást is, hogy a 69 éves Walter Mixa tudatvesztéssel is küzd, ezért minden ok megvan arra, hogy végérvényesen visszavonuljon a közéletből.

Walter Mixát 2005 júliusában XVI. Benedek pápa nevezte ki Augsburg püspökévé, bár múltjával kapcsolatban már akkor kételyek merültek fel. Mixa ügye már hetek óta a közérdeklődés homlokterében áll, és tovább csorbítja a katolikus egyház tekintélyét.