Kierkegaard gondolkodására, szellemi és lelki fejlődésére nagy hatást gyakorolt zsarnoki, vallásos, búskomor és bűntudattól gyötört apja, aki szegény vidéki béreslegényből vált dúsgazdag koppenhágai polgárrá. Apja még nyomorúságos ifjúkora idején elkeseredésében megátkozta Istent, emiatt később úgy érezte, szerencsétlenségre kárhoztatott lett ő is és azok lettek utódai is. Hitében erősíthette, hogy hét gyereke közül csak Sören és egy másik fiú érték meg a felnőttkort - másrészt viszont az üzleti életben mindig szerencséje volt, komoly vagyonra tett szert.

Kierkegaard apja nyomására 1830-ban teológiára iratkozott be, de hamarosan a filozófiai, esztétikai és filológiai tanulmányok felé fordult, végül teljesen elbizonytalanodva otthagyta az egyetemet, és belevetette magát a gazdag aranyifjak kicsapongó életébe. 1834-ben meghalt anyja, ekkor kezdte el írni Naplóját. Amikor 1838-ban elvesztette apját is, felhagyott a bohém élettel. Megírta első könyvét, amelyben honfitársa, Andersen egyik regényét elemezte igen szellemes és arrogáns hangon, és újra nekilátott teológiai tanulmányainak. 1840-ben ledoktorált, ugyanebben az évben eljegyezte Regine Olsent, egy államtanácsos leányát. A közvélemény teljes elképedésére és felháborodására azonban egy év múlva, mondvacsinált ürüggyel felbontotta az eljegyzést, és Berlinbe ment, ahol színházakba járt és Schelling filozófiai előadásait hallgatta.

Regine és kapcsolatuk emléke azonban nem hagyta nyugodni, szinte minden későbbi munkájában ezt a viszonyt, az ehhez fűződő érzéseit, gondolatait dolgozta fel. Kierkegaard Berlinből hazatérte után szinte teljes elszigeteltségben élt és szédületes tempóban dolgozott, négy év alatt nyolc jelentős művet írt. Ezeket álnéven és saját kiadásban jelentette meg, volt egyebek között Victor Eremita, Johannes de Silentio, Johannes Climacus, Hilarius Bogbinder.

Legolvasottabb és legnagyobb hatású műve az 1843-ban megjelent Vagy-vagy; az esszéisztikus, napló-, levél- és elbeszélésbetétekkel tarkított munkában az esztétikai és az etikai életfelfogás közötti választást kínálta fel. E művével ugyanazon a napon jelentek meg a hit és az áldozathozatal kérdésével foglalkozó írásai, Félelem és reszketés, illetve Az ismétlés címmel. 1844-ben ismét egyidejűleg adott közre két fontos munkát: a Filozófiai töredékekben arra vállalkozott, hogy bemutassa, milyennek kell lennie az igazi kereszténységnek, A szorongás fogalma pedig mélylélektani eszközökkel tárta fel és írta le a tárgyatlan emberi szorongás történeti képződményét. 1845-ben publikálta a Vagy - vagy "párját" Az életút stádiumai címmel, amelyben az esztétikai és az etika életfelfogás, stádium mellett leírja az általa legmagasabb rendűnek ítélt vallási stádium elérésének módját.

A teljes magányban élő és alkotó Kierkegaard szemlélete egyre komorabb lett, amihez hozzájárult, hogy Regine végül férjhez ment, és a dán Nyugat-Indiákra (a karibi Virgin-szigetekre) költözött, ahová férjét kormányzónak nevezték ki. Mélységesen bántotta az is, hogy írásait a kritikusok a legteljesebb értetlenséggel fogadták, és igyekeztek köznevetség tárgyává tenni. 1846-ban írta a Lezáró tudománytalan utóirat a filozófiai töredékekhez című munkáját, amelyben szembeszállt a hegeli filozófiával, Hegel Abszolútum-felfogásával, és a gondolkodással szemben a gondolkodó egzisztenciára irányította a figyelmet. Az egzisztencia Kierkegaard értelmezésében nem más, mint a konkrét, térben és időben véges létező, akit csak a maga létezésében lehet és kell megismerni, és csak az egzisztencia lehet az egyedüli megragadható valóság.

Az 1840-es évek második felétől Kierkegaardban egyre erősödött a hit, hogy Isten különleges szerepet szánt neki: hivatott arra, hogy feltárja kortársai előtt a kereszténység igazi természetét, egyúttal lerántja a leplet a hivatalos dán államegyház botrányos működéséről, a papok megalkuvásáról és képmutatásáról. Ekkortájt keletkezett művei, köztük A halálos betegség és a Képzés kereszténységből, valamint a saját maga írt és szerkesztett Dieblikket (A pillanat) című lap egyházat ostorozó cikkei nem tették népszerűvé, a papság és a polgárság felháborodottan támadott vissza.

Az állandó feszültséget és a felfokozott lelkiállapotot Kierkegaard szervezete nem bírta elviselni. Alig 42 évesen, 1855 októberében az utcán agyvérzést kapott és kórházba került. Itt halt meg november 11-én, vagyona csekélyke maradékát Reginére hagyta.

Kierkegaard műveit azóta is folyamatosan értelmezik és újraértelmezik, hatása kimutatható egyebek között Albert Camus, Jean-Paul Sartre, Martin Heidegger, Ludwig Wittgenstein, Jürgen Habermas munkásságában.