A KDNP-s politikusok jegyezte, ám a szavazás előtt néhány órával az alkotmányügyi bizottság által alapvetően átírt, a lelkiismeret és vallásszabadság jogáról, valamint az egyházak, vallásfelekezetek, vallási közösségek jogállásáról szóló javaslatot 254 igen szavazattal, 43 nem ellenében fogadták el a képviselők. A jelenlévő ellenzéki politikusok nemmel voksoltak.

A jogszabály értelmében az Országgyűlés a következő egyházakat ismeri el: Magyarországi Katolikus Egyház, Magyarországi Református Egyház, Magyarországi Evangélikus Egyház, Magyarországi Zsidó Hitközségek Szövetsége, Egységes Magyarországi Izraelita Hitközség, Magyarországi Autonóm Orthodox Izraelita Hitközség, Budai Szerb Ortodox Egyházmegye, Konstantinápolyi Egyetemes Patriarchátus - Magyarországi Ortodox Exarchátus, Magyarországi Bolgár Ortodox Egyház, Magyarországi Román Ortodox Egyházmegye, Orosz Ortodox Egyház Magyar Egyházmegyéje, Magyar Unitárius Egyház Magyarországi Egyházkerülete, Magyarországi Baptista Egyház, Hit Gyülekezete. (Az utóbbi az egyetlen, amely a kereszténydemokrata képviselők által jegyzett törvényjavaslatban nem szerepelt a bevett és elismert egyházak között.)

A KDNP eredeti javaslata még három kategóriát rögzített: a bevett, illetve elismert felekezeteket, a jelentős közcélú tevékenységet ellátó egyházakat, amelyekkel a kormány megállapodást köt, illetve további olyan egyházakat, amelyek országos lefedettségűek, illetve világvallásokhoz kötődnek, és jelentős nemzetközi kapcsolatokkal rendelkeznek.

Az utóbbi két kategóriát azonban végül nem vezették be, s a törvényben csak az említett 14 egyházat rögzítették. A jogszabályban nem nevesített és nem kategorizált vallási közösségek egyházi nyilvántartásba vételéről az eredetileg tervezett Fővárosi Bíróság helyett a parlament dönthet majd, kétharmados többséggel. A kérelmet az egyházakkal való kapcsolattartásért felelős miniszternek kell benyújtani, aki azt az Országgyűlés elé terjeszti.

A nyilvántartásba vételi kérelem akkor nyújtható be, ha az egyesület elsődlegesen vallási tevékenységet végez; ha tanításának lényegét tartalmazó hitvallással és rítussal rendelkezik; ha legalább húsz éve szervezett formában, egyesületként működik Magyarországon; ha az alapszabályát, létesítő okiratát, belső törvényét, szervezeti és működési szabályzatát vagy azoknak megfelelő más szabályzatot elfogadta; ha a szervezet az ügyintéző és képviseleti szerveit megválasztotta; valamint ha tagjai nyilatkoznak arról, hogy az általuk létrehozott szervezet tevékenysége nem ellentétes az alaptörvénnyel, jogszabályba nem ütközik, valamint nem sérti más jogait és szabadságát. A legalább ezer tag meglétére vonatkozó kritériumot az alkotmányügyi bizottság zárószavazás előtti módosító javaslata törölte.

A kormány a törvény alapján egyháznak nem minősülő, közfeladatot ellátó szervezetekkel legkésőbb december 31-ig megállapodást köthet.

A törvény szerint az egyházakkal való kapcsolattartásért felelős tárcavezetőnek a Ház elé kell terjesztenie annak az egyháznak a megszüntetésére vagy törlésére vonatkozó javaslatot, amely felhagy a tevékenységével, és vagyonáról nem rendelkezik. Jogutód nélkül akkor szűnik meg egy egyház, ha feloszlását legfőbb szerve kimondta.

Az a korábban javasolt passzus azonban, hogy a bíróság - majd a módosítások nyomán a parlament, illetve miniszter - törölheti a nyilvántartásból azt az egyházat, amelynek tevékenysége az alaptörvénnyel ellentétes, jogszabályba ütközik, illetve amelynek tényleges tevékenysége alapján a nyilvántartásba vétel nem történhetett volna meg, nem szerepel a jogszabály végső változatában. Ellenzéki képviselők a záróvitában azt kifogásolták, hogy így nincs törvényes mód az esetlegesen közösségellenes egyházak megszüntetésére, feltéve, hogy egyszer már elismerték őket. Lázár János, a Fidesz frakcióvezetője szerint azonban ez a vallási közösségek működésének garanciája.

A jogszabály keretet biztosít ahhoz, hogy "az állam a közösségi célok érdekében együttműködjön az egyházzal". Garantálja továbbá, hogy az egyházak az állam által fenntartott nevelési és oktatási intézményekben - a tanulók és a szülők igényei szerint - hitoktatást tarthatnak, továbbá a felsőoktatási intézményekben hitéleti tevékenységet folytathatnak. A hitoktatás költségeit - külön törvény, illetve az egyházakkal kötött megállapodások alapján - az állam biztosítja, míg a közoktatási intézmény köteles a dologi feltételeket és más, kötelező iskolai foglalkozásokkal nem ütköző időpontot, az egyház pedig hitoktató, illetve hittanárt biztosítani.

Az egyházak a kormánnyal kötött megállapodás alapján külön jogszabályban meghatározott rendben végzett tábori lelkészi, valamint börtön-és kórházlelkészi szolgálatot vagy más speciális szolgálatot is végezhetnek.

A törvény 2012. január 1-jén lép hatályba.