Az 1848-1849-es szabadságharc leverését kegyetlen megtorlás követte. A közkatonák amnesztiát kaptak ugyan, de sokukat besorozták a császári seregbe, a magasabb rangú tisztek, tisztviselők pedig hadbíróság elé kerültek. A tárgyalások sorrendjét a "bűnösség" foka határozta meg: elsőként a "főbűnösök", a csehországi Olmützben (Olomouc) Batthyány Lajos, Aradon pedig a honvédsereg önálló seregtestet vezénylő főtisztjeinek perét folytatták le.

A tisztségéről 1848. október 2-án lemondó Batthyányt 1849 januárjában Pesten tartóztatták le. A szabadságharc bukása idején Olmützben raboskodó politikust 1849. augusztus 30-án a haditörvényszék koncepciós eljárásban, felsőbb utasításra, felségárulás miatt kötél általi halálra és teljes vagyonelkobzásra ítélte, de kegyelemre ajánlotta. A per még azt a bécsi utasítást is megsértette, hogy a vádlottak csak a magyar parlament 1848. október 3-i feloszlatása utáni forradalmi cselekményekért vonhatók felelősségre, ugyanis a vád alapját Batthyány korábbi cselekményei (többek között külföldi hatalmakkal való kapcsolatfelvétel, a horvátokkal és az osztrák kormánnyal történő megegyezés elmulasztása, uralkodói jóváhagyás nélküli honvédújoncozás és papírpénz-kibocsátás) alkották. A kegyelemre ajánlást Ausztriában az íratlan szabály szerint figyelembe kellett venni, ezért Batthyányt Pestre vitték, ahol a Magyarországot teljhatalommal kormányzó Haynau táborszernagy 1849. október 5-én megerősítette az ítéletet.

Aradon 1849. szeptember 26-án tizenhárom tábornokot és egy ezredest (Lázár Vilmost, aki szintén önálló seregtestet irányított) ítéltek halálra felségsértés és lázadás miatt.

Haynau ezt szeptember 30-án hagyta jóvá, de Gáspár András (Ferenc József egykori lovaglómestere) büntetését az utolsó pillanatban börtönre változtatták.

A kivégzéseket október 6-ra, az egy évvel korábbi bécsi felkelés és Latour osztrák hadügyminiszter meglincselésének évfordulójára időzítették. A börtöneként szolgáló pesti Újépületben Batthyány éjszaka egy becsempészett tőrrel nyakon szúrta magát, és súlyos vérvesztesége miatt nem lehetett végrehajtani a megbecstelenítőnek számító, jobbára köztörvényeseknél alkalmazott akasztást. Mivel a kivégzésnek meg kellett történnie, a helyi parancsnok a kötél általi halálbüntetést saját hatáskörben "porra és golyóra" változtatta - ennek hallatán Haynau később idegrohamot kapott. Batthyány nem engedte a szemét bekötni, és maga vezényelt tüzet a kivégzőosztagnak, utolsó szavai három nyelven hangzottak el: "Allez, Jäger! (Rajta, vadászok!) Éljen a haza!" Kivégzésének színhelyén, az egykori Újépület falánál 1926. október 6-án avatták fel a Pogány Móric tervei alapján készült Batthyány-örökmécsest, amely a szabadság jelképe, a kádárizmus utolsó éveiben a március 15-i ellenzéki tüntetések rendszeres színhelye lett. Magyarország első miniszterelnökének hamvai a Fiumei úti Nemzeti Sírkertben, a Batthyány-mauzóleumban nyugszanak.

Aradon ugyancsak október 6-án végezték ki a tizenhárom honvéd főtisztet: Aulich Lajost, Damjanich Jánost, Dessewffy Arisztidot, Kiss Ernőt, Knézich Károlyt, Láhner (Lahner) Györgyöt, Lázár Vilmost, Leiningen-Westerburg Károlyt, Nagysándor Józsefet, Poeltenberg Ernőt, Schweidel Józsefet, Török Ignácot és Vécsey Károlyt. A golyó általi halálra "kegyelmezett" Kisst, Schweidelt, Dessewffyt és Lázárt hajnalban lőtték agyon a vár északi sáncában, a többi elítéltet ezután a vártól délre sebtében összetákolt bitófákra akasztották fel. A holttesteket elrettentésül estig az akasztófán hagyták, de éppen az ellenkező hatást érték el, mert a kivégzés helye valóságos búcsújáró hellyé vált. Ma az egykori vesztőhelyen emlékoszlop áll, a vértanúk emlékét a városban a 2004-ben visszaállított Szabadság-szobor, Zala György munkája őrzi.

Aradon 1850 februárjáig még három honvédtisztet végeztek ki, Ormai Norbert honvéd ezredest, Kazinczy Lajos honvéd ezredest (Kazinczy Ferenc fiát) és Ludwig Hauk alezredest, Bem tábornok hadsegédét. Lenkey János honvéd vezérőrnagy azért nem került a kivégzőosztag elé, mert megtébolyodott, ő 1850 februárjában a várbörtönben halt meg. A szabadságharc utáni megtorlások alatt hozzávetőleg 500 halálos ítéletet hoztak, és mintegy 110-et hajtottak végre. Az emigránsokat in effigie - távollétükben - végezték ki, azaz nevüket az akasztófára szögelték. A bosszúhullám csak 1850 júliusától mérséklődött, amikor az általános európai felháborodás miatt a bécsi udvar nyugdíjazta a "hatáskörét túllépő" Haynaut.

A kormány 2001. november 24-én nemzeti gyásznappá nyilvánította október 6-át. Ezen a napon az állami lobogót félárbócra eresztik, a középületekre kitűzik a gyászlobogót, az iskolákban megemlékezést tartanak.