Fred Cohen, a Dél-kaliforniai Egyetem számítógép-tudományi doktorandusz hallgatója alig nyolc óra alatt írta a VD nevű grafikai alkalmazásba rejtett programot, amelyet egy számítógép-biztonsági szemináriumon mutatott be tanárának. A professzor, Leonard Adlerman nevezte el vírusnak a kódot, mert az a felhasználók hozzáféréseit kihasználva terjedt szét a számítógépeken, illetve a hálózatba kötött gépek között.

Mások szerint a digitális betegség egy évvel korábban jelent meg, "szülőatyja" pedig a 15 éves Richard Skrenta volt. A pittsburghi diák hajlékonylemezen csereberélt - illegálisan - Apple II számítógépre írt játékprogramokat barátaival, s az egyik játékot megtoldotta az általa írt, Elk Clonernek elnevezett apró programmal. Az adathordozókon villámgyorsan terjedő program a játék minden ötvenedik indításakor elsötétítette a képernyőt, amelyen Skrenta egy versikéje jelent meg.

A számítógépes vírus születésének pontos körülményei tehát a múlt ködébe vesznek, elméleti kezdetei viszont egészen a számítógép atyjának tekintett Neumann Jánosig nyúlnak vissza: ő állította fel azt a tézist, hogy egy számítógépes program képes lehet önmaga reprodukálására. Ezt először a Bell Labs mérnökei által kifejlesztett Darwin nevű játék mutatta meg, ebben két program küzdött egymással egy rendszer ellenőrzéséért, eközben megpróbálták felülírni magukat.

A vírusok és közeli rokonaik, az önmagukat gazdaprogram nélkül sokszorosító férgek és a biztonsági réseken keresztül idegeneknek hozzáférést biztosító trójaifaló-programok száma a nyolcvanas évek közepe óta folyamatosan emelkedik. Skrenta csak viccelődött, Cohen a tudományt szerette volna előbbre vinni, a mai vírusok alkotói viszont csalni akarnak. Kártékony programot írnak, vírusfertőzéssel zombivá változtatott gépekből álló boot-hálózaton keresztül szórják a levélszemetet, kémprogramokkal bankszámla- és hitelkártyaadatokra, jelszavakra és a virtuális identitások egyéb elemeire vadásznak.

A legnépszerűbb MS-DOS rendszerre írt első vírust 1986 januárjában fedezték fel, ezt két pakisztáni testvér írta szoftverük védelmére. A "Brain" még viszonylag lassan terjedt, hiszen csak floppylemezeken keresztül kerülhetett egyik gépről a másikra. 1987-ben a "Christmas Tree" már több hálózatot bénított meg, ezek között volt a hadsereg által kifejlesztett decentrális hálózat, az internet őse is. A 80-as évek végén a vírusírók egyre bonyolultabb mechanizmusokat használtak teremtményeik elbújtatására és hatékonyságuk növelésére.

1990-ben írták az 1260 névre keresztelt első polimorf vírust - ezek azok a programok, amelyek forráskódjukat folyamatosan változtatni tudják, ezért nehezen felismerhetők. 1991-ben jött a Form nevű boot-vírus, amely nyolc éven át vezette a legelterjedtebb vírusok listáját. A fertőzött gépeken minden hónap 18-án a billentyűk lenyomásakor kattogó hang hallatszott, de a Windows NT operációs rendszer esetén problémákat okozott a betöltésnél.

Az első igazán fertőző vírus, az 1992-es Michelangelo több mint tízezer számítógépet tett tönkre. A Microsoft Windows terjedésével párhuzamosan az 1990-es évek közepétől a legtöbb vírust erre az operációs rendszerre írták. A legnagyobb "sikert" a Word szövegszerkesztő programban elbújó makrovírusok aratták, majd következtek az e-mailben terjedő vírusok. A 2000-ben elszabadult, egy fülöp-szigeteki diák által írt ILOVEYOU órák alatt fertőzött meg több millió gépet, általa egész hálózatok váltak instabillá - ezt tekintik minden idők egyik legpusztítóbb vírusának.

A 2000-es évek elején már naponta ötezer, vagyis évente majdnem kétmillió új kártékony program jelent meg. Minden idők leggyorsabban terjedő számítógépes vírusa az SQL slammer, amely 2003. január 25-én a Microsoft SQL elnevezésű adatbázis-kezelő szoftverének egy sebezhetőségét kihasználva tíz perc alatt 75 ezer internet- és e-mail-szervert fertőzött meg és lassította le az adatforgalmat az egész világon és egymilliárd dollár kárt okozott. 2004-ben jelent meg a MyDoom, amely e-mailekhez csatolva terjedt, s egy ideig minden tizedik elektronikus levélben megtalálható volt. A számítógépes vírusok azonban nem csak a Windows operációs rendszeren támadnak: egyre több kártevőt írnak az Apple cég OSX rendszereire, s az okostelefonok sincsenek biztonságban, a mobil készülékek elterjedése maga után vonja a mobil kártevők elterjedését.

Napjainkban a vírusok már valamivel kevésbé gyakoriak, mint a hálózaton terjedő férgek. A vírusokkal egyidősek az antivírus szoftverek, melyeket eredetileg a számítógépes vírusok elleni védelemre fejlesztettek ki, de napjainkban képesek a férgek és a kémprogramok elleni védelemre is. E szoftverek természetesen mindig lemaradásban vannak, de napjainkban egy-egy újabb vírus felfedezése után legfeljebb 40-60 perc telik el, mire a biztonsági program frissítése eljut az ügyfelekhez.