Navalnaját azzal vádolják, hogy részt vett a néhai férje által vezetett, Oroszországban szélsőséges szervezetnek nyilvánított Korrupcióellenes Alapítvány (FBK) tevékenységében. Az elsőfokú bíróság július 9-én rendelte el Navalnaja letartóztatását, és nemzetközi körözést is kiadott ellene.

Az orosz pénzügyi felügyelet (Roszfinmonitoring) július 11-én vette fel őt a terroristák és szélsőségesek listájára. Az FBK-ban folytatott tevékenység címén korábban őrizetbe vették Artyom Krigert, a külföldi ügynökként nyilvántartott Sota című kiadvány újságíróját, valamint fotósát, Antonyina Favorszkaját.

Ugyanezen a címen vádat emeltek Navalnij három volt ügyvédje ellen is.

Alekszej Navalnij február 16-án, 47 éves korában halt meg a Jamal-Nyenyec Autonóm Körzetben található sarkvidéki börtönben, ahol 19 éves büntetését töltötte. A Kreml tagadja, hogy az orosz államnak vagy Vlagyimir Putyin elnöknek bármi köze lett volna halálához. Az orosz Szövetségi Büntetés-végrehajtási Szolgálat (FSZIN) tájékoztatása szerint a politikus egy séta után hirtelen rosszul lett, eszméletét vesztette és meghalt.

Navalnij 47 éves felesége csak férje halálát követően lépett a nyilvánosság elé.