A horvát legfelsőbb bíróság 2015 októberében szüntette meg Sanader ellen az elsőfokú eljárást és perújrafelvételt rendelt el.
A 2016-ban kezdődődött megismételt perben azzal vádolták a volt kormányfőt és tettestársait, hogy a közbeszerzési törvényeket megsértve, valós és fiktív megrendeléseken keresztül állami cégektől szereztek pénzt, amely Sanadernél vagy az akkor általa vezetett Horvát Demokratikus Közösség (HDZ) nevű jobbközép párt "feketekasszájában" kötött ki, és a párt választási kampányainak finanszírozását szolgálta.
Az elsőfokú, nem jogerős ítélet szerint
Sanader és két tettestársa összesen 70 millió kuna (3,3 milliárd forint) közpénzt sikkasztott el, ebből a HDZ kasszájába 8 millió kuna került.
Horvátország történetének egyik legjelentősebb korrupciós ügyében a hivatali hatalommal való visszaélésben és bűnszervezet kiépítésében bűnösnek talált Sanader mellett letöltendő börtönbüntetést kapott első fokon Mladen Barisic, a HDZ korábbi kincstárnoka és Branka Pavosevic pénztárnok is. A HDZ-t "felelősnek" találta a testület, ezért 3,5 millió pénzbírság megfizetésére kötelezte, valamint 14,6 millió kuna értékben vagyonelkobzást rendelt el a párttal szemben. Sanadernek 15,8 millió kunát is vissza kell fizetnie, amennyiben jogerőre emelkedik az ítélet.
A volt kormányfő, aki börtönbüntetését tölti egy másik ügyben, nem vett részt az ítélethirdetésen, jelenleg egy gyógyfürdőben tartózkodik, rehabilitáción.
A másik, Planinska néven elhíresült korrupciós perben 2019-ben a bíróság jogerősen 6 év börtönre ítélte. Az ügyben azzal vádolták, hogy kormányzása idején elősegítette egy magánkézben lévő zágrábi, Planinska utcai épület piaci értéknél drágább eladását az államnak, s részesült a törvénytelenül szerzett haszonból.
Sanadert a zágrábi megyei bíróság két másik perben, a Mol-INA- és Hypo Bank-ügyben indított eljárásban 2019-ben és 2018-ban háborús nyerészkedés, hivatali visszaélés és vesztegetés miatt nem jogerősen 6 és 2,6 év börtönre ítélte.