A szovjet pártvezetés kilenc akkori tagjának, köztük Gorbacsovnak az aláírása található a szovjet titkosszolgálatnak címzett, a merényletre felhatalmazást adó 1979-es feljegyzésen - mondta John O. Koehler egy iratra hivatkozva, amelyre egy varsói archívumban talált rá.

Az 1978-ban megválasztott lengyel pápa szálka volt a szovjet vezetés szemében, mert megingatta a kommunista berendezkedést Lengyelországban. A későbbi szovjet elnök és kommunista pártfőtitkár Gorbacsov mellett neki tulajdonítanak a legnagyobb szerepet a kelet-közép-európai kommunista rendszerek bukásában.

Az 1979 novemberéből származó PB-utasításban többek között ez olvasható a Wprost szerint: "Minden lehetséges eszközt fel kell használni annak a politikai átrendeződésnek a megakadályozására, amit a lengyel pápa indított el, és ha szükséges, a félretájékoztatásnál és a hitelrontásnál nagyobb hatású eszközöket is fel kell használni". Koehler szerint ez a megfogalmazás rejtette a katolikus egyházfő meggyilkolására szóló megbízást.

Gorbacsovot már korábban is összefüggésbe hozták a merényletettel, a politikus azonban mindig cáfolta az állítást, hogy megbízást adott II. János Pál meggyilkolására.

A pápa súlyosan megsebesült a római Szent Péter téren történt merényletben. A török állampolgárságú támadó, Mehmet Ali Agca 19 évet töltött rács mögött Olaszországban, amikor a pápa nyomatékos kérésére 2000-ben kegyelemben részesítették. Jelenleg több más, korábbi bűncselekmény miatt Törökországban tölti börtönbüntetését.

A merénylet hátterét nem sikerült megnyugtatóan feltárni az Agca elleni perben. Máig több, egymásnak ellentmondó elmélet él ezzel kapcsolatban, némelyik szerint valamelyik nagyhatalom adott megbízást a merényletre, mások szerint iszlamista és nacionalista csoportok.