Miloš Zeman cseh köztársasági elnököt nagyon sokan bírálták hazájában amiatt, hogy az orosz kémbotránnyal kapcsolatban nem fejtette ki azonnal álláspontját. Azzal indokolta a hallgatást, hogy előbb részletesen tájékozódni akar az ügyben. Az államfő végül vasárnap állt kamerák elé, és elmondta, „amennyiben bebizonyosodik az orosz ügynökök részvétele a vrběticei lőszerraktárban történt robbanásban, akkor Oroszországnak ezért a terrorista cselekményért meg kell fizetnie”. Példaként a Roszatom kizárását említette a Dukovany atomerőmű bővítésére kiírt pályázatból.
Az államfő ugyanakkor egy másik forgatókönyvet sem tart elképzelhetetlennek. Eszerint, ha nem az orosz kémek robbantottak Vrběticében, hanem a lőszerrel történt szakszerűtlen manipuláció idézte elő a robbanást, akkor annak széles körű belpolitikai következményei lesznek. „A rendőrség feladata megállapítani, mi is történt valójában” – tette hozzá Zeman, aki azt is megjegyezte, hogy a Biztonsági Információs Szolgálat jelentésében is az áll, hogy nincsenek bizonyítékok az orosz ügynökök behatolására a lőszerraktárba, bár ez nem jelenti azt, hogy ez nem történt meg.
Andrej Babiš cseh kormányfő és Ján Hamáček belügyminiszter április 17-én jelentette be, hogy a vrběticei robbanások mögött orosz ügynökök állnak, s ezért Prága kiutasította a prágai orosz nagykövetség 18 diplomatáját. Moszkva válaszul 20 cseh diplomatát küldött haza. Ezt követően további kölcsönös kiutasításokra, intézkedésekre került sor, ami gyakorlatilag a moszkvai cseh, illetve a prágai orosz diplomáciai képviselet munkájának a megbénításához vezetett.
Miloš Zeman egyetértett a 18 orosz diplomata hazaküldésével.
„Nem szeretem a hírszerzőket, többet ártanak, mint használnak”
– fogalmazott a cseh elnök. Példaként egy CIA-s esetet hozott fel, amikor az amerikai Központi Hírszerző Ügynökség arról jelentett Washingtonnak, hogy Irak tömegpusztító fegyvereket tart, s mint utóbb kiderült, semmit sem találtak. „Nem látok okot arra, miért kéne nálunk tartózkodnia 18 kémnek” – tette hozzá a cseh államfő.
Ellenzéki politikusok véleménye szerint Zeman kétségbe vonta a lőszerraktárban történt robbanásokról eddig ismert információkat, valamint a cseh elhárítás munkáját, amivel jó szolgálatot tett Oroszországnak, és megnyitotta az utat a dezinformációk előtt. Többen azt is kifogásolták, hogy a példa nélküli cseh–orosz diplomáciai vitában nem nyilatkozott. Miloš Vystrčil, a cseh parlamenti felsőház elnöke rámutatott: „A köztársasági elnök több olyan tényt közölt egy folyamatban lévő vizsgálat kapcsán, amelyek befolyásolhatják annak eredményét és veszélyeztethetik Csehország biztonságát. Más információkat viszont elhallgatott.”