A székhelye Baku, a főváros, noha, mint neve is mutatja, eredetileg nem ott született. Aghdam városában alapították 1951-ben (egyébként Mehsul néven), 1987-ben kapta a Qarabağ FK nevet. 1993-ban a Hegyi-Karabahban dúló háború miatt költözött Bakuba. Még abban az esztendőben megnyerte az azeri bajnokságot, de aztán legközelebb csak húsz év múlva, miután szinte teljesen újjászületett.

Az új korszak részben a helyi óriásvállalat, az Azersun Holding belépésével, majd az immár legendás edző, Gurban Gurbanov 2008-as érkezésével kezdődött. Az egykori kiváló csatár (68 válogatott mérkőzésén 14 gólt szerzett) 2006–2007-ben még a szovjet idők első számú azeri csapatát, az akkor már az „azeries” névalakot használó Neftçit dirigálta, majd 2008-ban került a Qarabağhoz. Azóta is ő a vezetőedző. (Közben egy idényen át, párhuzamosan, volt szövetségi kapitány is.)

Csapata – amely egyébként a nyolctagú vezérkar hat tagját tekintve török kézben van – az elmúlt időszakban részben abszolút „nemzetközi” csapattá vált, ugyanakkor épít azeriekre is. A júniusi válogatott mérkőzésekre kijelölt keretben kilenc Qarabağ-futballista volt. Köztük, például, Ramil Şeydayevre, aki a szentpétervári Zenitben Huszti Szabolcs csapattársa volt, pályafutása elején. Még orosz színekben, 2013-ban U17-es Európa-bajnok, majd két évvel később U19-es Eb-ezüstérmes volt. Vagy a két veterán, Maksim Medvedev és Qara Qarayev, akik egyaránt túlvannak a hetvenötödik válogatottságukon.

A honosítás lehetőségével is élt a klub, a pályafutása csúcsán már túllévő Richard Almeyda brazil, Filip Ozobić pedig horvát. A légiósok közül a montenegrói Marko Vesovics a szerb (Crvena zvezda), az olasz (Torino), a horvát (NK Rijeka) és a lengyel (Legia) élvonalban is játszott. Honfitársa, Marko Jankovics ugyancsak futballozott a Serie A-ban (SPAL), majd Izraelből szerződött Azerbajdzsánba. A kolumbiai Kevin Medina korábban Portugáliában (Academico Viseu, Chaves), a francia Abdellah Zoubir hazájában nem jutott el a Ligue 1-ig, légiósként a skót (Hibernian) és a román (Petrolul Ploiești) élvonalban játszott. A szenegáli Ibrahima Wadji négy-öt éve Erling Haaland oldalán játszott néhány mérkőzést a Moldéban, 2019-ben, ugyanott, Henry Wingo klubtársa volt. A mostani keret legjobbjának a brazil Kady Borgest tartják, ő volt az előző idény házi gólkirálya.

Az európai porondon a Qarabağ FK legnagyobb sikere a 2017-es őszi BL-csoportkör volt, az AS Roma, az Atlético Madrid és a Chelsea volt a három ellenfél. Érdemes tudni, hogy az azeri csapat a legutóbbi nyolc (!) idényben mindig szerepelt valamelyik sorozat őszi csoportkörében, hatszor az Európa-ligában, egyszer a BL-ben, s legutóbb a Konferencia-ligában. Legrosszabb esetben ennek 2022 őszén is biztosan tagja lesz. Az elmúlt években olyan csapatokat ejtett ki nyaranta, mint a Molde, a varsói Legia, az Aberdeen, s idén a Lech Poznan és az FC Zürich. A tavaly ősszel BL-csoportkörös szereplésével nagy feltűnést keltő Sheriff Tiraspolt 2017 óta háromszor is elbúcsúztatta. Az első meccset augusztus harmadikán az azeri fővárosban, a visszavágót jövő kedden, aug. 9-én Budapesten rendezik.