Ferenc pápának, illetve akkor még Jorge Mario Bergogliónak argentínai teológiai tanulmányai első két évében Jálics Ferenc jezsuita atya volt a gyóntatója és lelki vezetője. Jálics és egyik társa később - az 1973-ban jezsuita provinciálisnak kinevezett Bergoglio engedélyével – egyik rendtársával egy nyomornegyedbe költözött, hogy felhívja a figyelmet az iszonyatos szegénységre. Az 1976-os katonai puccs után figyelmeztették őket, hogy távozniuk kell onnan, de a katonák – miután elfogták egyik, a gerillákhoz csatlakozott világi munkatársukat - őket is letartóztatták és hónapokon át fogva tartották, kínozták, vallatták.

Jálics Ferenc – akinek alakja A két pápa című nagysikerű filmben is feltűnik – szabadulása után azonnal provinciálisához sietett, és tanácsára elhagyta az országot. Évekkel később szárnyra kelt az a hír, hogy a két szerzetest Bergoglio adta ki a juntának, amit ő tagadott. Jálics a pápa megválasztása után, amikor a vádakat ismét felmelegítették, ezt írta: „Csak több évvel később volt lehetőségünk arra, hogy (...) megbeszéljük az eseményeket. Utána nyilvános szentmisét mutattunk be közösen, és ünnepélyesen megöleltük egymást. A történtekkel kiengesztelődtem, és a magam részéről az ügyet lezártam.”

A pápa, amikor magyarországi látogatása során, 2023. április 29-én fogadta magyar jezsuita szerzetestestvéreit, a történtekről ezt mondta: „amikor Jálicsot elfogták, Argentínában zavaros volt a helyzet, nem lehetett világosan látni, mitévők legyünk. Azt tettem, amiről úgy éreztem, hogy meg kell tennem, hogy megvédjem őket. Nagyon fájdalmas ügy volt. Jálics jó ember volt, Isten embere, istenkereső ember, de egy olyan közeg áldozatává vált, amelyhez nem tartozott. Ezt ő maga is megértette. Ez a gerillák közege volt, akik azon a helyen tevékenykedtek, ahol ő lelkipásztori szolgálatot végzett.”

Az argentin püspökök később, élükön a mai Ferenc pápával, közös nyilatkozatban kértek bocsánatot az egyház mindazon hibáiért, amikor képtelenek voltak megvédeni a junta alatt üldözötteket.

Ferenc pápa korábban elmondta azt is: élénken őrzi az angolkisasszonyok emlékét, akik a vallásüldözés miatt kényszerültek elhagyni hazájukat és akikkel Buenos Aires környékén ismerkedett meg. Az egyházfő több alkalommal is meleg szavakkal emlékezett meg róluk.

Jorge Mario Bergoglio pápaként kétszer is járt Magyarországon. 2021. szeptember 12-én, a Budapesten megrendezett 52. Nemzetközi Eucharisztikus Kongresszus zárónapján ő pontifikálta a zárómisét a Hősök terén, 2023. április 28-30. között pedig apostoli látogatást tett a fővárosban.

2019. június 1-jén a pápa a romániai katolikusok többségét alkotó magyar hívőket a közösség legjelentősebb zarándokhelyén, a csíksomlyói hegynyeregben kereste fel, ahol szentmisét is tartott.