A bíróság Baka András egyes panaszpontjait elutasította, a kártérítés tekintetében pedig további tájékoztatásra tart igényt.

A volt főbírónak idő előtt szüntették meg a jogviszonyát azzal, hogy az új Alaptörvény hatályba lépésével a Legfelsőbb Bíróság megszűnt, és annak helybe a Kúria lépett. Az alkotmányerejű törvénykezés nem tette lehetővé, hogy Baka András bíróság előtt keressen jogorvoslatot.

A panaszos maga is tagja volt 1991 és 2008 között az Európa Tanács égisze alatt működő emberi jogi bíróságnak. Ehhez a fórumhoz az fordulhat, aki úgy érzi, hogy sérelmet szenvedett az emberi jogok európai egyezményében lefektetett valamilyen joga, és hazájában már nem áll rendelkezésére jogorvoslati lehetőség.

Baka András az Országgyűlés 2009-ben harmadszori nekifutásra, hat évre választotta meg a Legfelsőbb Bíróság elnökévé, Sólyom László akkori államfő jelöltjeként. A 2010-es választások után átfogó alkotmányozási reformtevékenység kezdődött Magyarországon. A főbíró 2011 folyamán több alkalommal nyilvánosan kifejtette e reformnak az igazságszolgáltatást érintő részével - így a bírák kötelező nyugdíjazásának 70 évről 62 évre csökkentésével - kapcsolatos bíráló véleményét. 2011. december 30-án elfogadták az új alkotmányhoz kapcsolódó átmeneti intézkedéseket. Kimondták, hogy a Legfelsőbb Bíróság jogutódja a Kúria lesz, és hogy az új Alaptörvény hatályba lépésével - 2012. január elsejével - megszűnik a Legfelsőbb Bíróság elnökének a megbízatása. Az új kúriai elnöki tisztség betöltésének előfeltételévé tették az öt éves magyarországi bírói gyakorlatot, ami Baka esetében nem volt meg, a strasbourgi emberi jogi bírósági tapasztalatot pedig az előírások alapján nem lehetett figyelembe venni.

Baka András a strasbourgi fórumhoz intézett beadványában felpanaszolta, hogy ezzel az eljárással a magyar hatóságok megsértették az európai emberi jogi egyezmény 6. cikkének 1. bekezdésében rögzített azon jogot, hogy igazát keresve mindenki bírósághoz fordulhat. Miután az alkotmányos jogszabály mondta ki az ő jogviszonyának megszűntét, ügyében még az Alkotmánybíróság sem nyilváníthatott véleményt.

Ezzel a panaszponttal kapcsolatban az EJEB kimondta: valóban sérelem érte a 6. cikk 1. bekezdését.

A panaszos másik hivatkozási alapja az emberi jogi egyezmény 10. cikkében rögzített véleménynyilvánítási szabadság volt, amelyet szerinte azzal ért sérelem, hogy elbocsátása mögött a kormány igazságügyi reformját az ő részéről érő nyilvános bírálat húzódott meg.

Az EJEB ebben a pontban is megállapította az emberi jogok európai egyezményének megsértését.

Baka András beadványában azt is állította, hogy idő előtti elbocsátásával sérült az a joga, amely a hatékony kárpótlást írja elő (az egyezmény 13. cikkében), valamint amely a diszkriminációt tiltja (az egyezmény 14. cikkében).

E pontok tekintetében az EJEB szerint nem indokolt a panasz megvizsgálása.

A strasbourgi bíróság nyitva hagyta az európai emberi jogi egyezmény 41. cikkével kapcsolatos kérdést. E cikk azt mondja ki, hogy ha olyan esetben, amikor az EJEB megállapítja az egyezmény előírásainak megsértését, a nemzeti jog csak részleges kártérítést tesz lehetővé, akkor a strasbourgi bíróság szükség esetén elrendelheti a kárt szenvedett fél méltányos kártérítését.

Beadványában Baka András 742 520 euróban adta meg az őt ért kár összegét, és 153 532 euróban a felmerült eljárási költséget.

A 41. cikket illetően az első fokú ítélet felszólította a magyar kormányt és a panaszost, hogy három hónapon belül - vagyis az ítélet jogerőre emelkedése előtt - tegyék meg írásbeli észrevételeiket, illetve értesítsék a strasbourgi bíróságot, ha időközben megállapodásra jutottak egymással.