Az ügy lényege, hogy Andrej Babiš kettős szerepben tűnik fel: kormányfőként meghatározó befolyása van az uniós költségvetés csehországi elosztására, miközben az általa alapított Agrofert holding az uniós támogatások egyik legnagyobb közép-európai kedvezményezettje. Brüsszel különösen azt szeretné megtudni, hogy a vállalatcsoport részesülhet-e uniós pénzekből, amíg ez a helyzet teljesen nem tisztázódik.

Andrej Babiš a közösségi hálón decemberben nyilvánosságra hozott videójában közölte: az Agroferttel ezentúl nem lesz semmiféle kapcsolata, és a politikából való távozása után sem válik újra a cég tulajdonosává. Azt állítja, hogy megszüntette az összeférhetetlenséget azzal, hogy a cég részvényeit egy magán vagyonkezelő alapba helyezte. Az Európai Bizottság azonban részletes információkat kér arról, hogy milyen intézkedésekkel biztosítják, hogy a miniszterelnökhöz köthető vállalatok ne részesüljenek uniós forrásokból. A brüsszeli aggályok alapja, hogy a vagyonkezelő alapba helyezés csak látszólagos függetlenítést jelenthet, ha a politikus továbbra is gazdasági érdekkel rendelkezik a cégcsoport sikerében. A levelet a regionális fejlesztési minisztériumnak címezték, és a válaszra egy hónapja van Csehországnak.

Ha Brüsszel nem találja kielégítőnek a választ, hivatalos auditeljárást indíthat Csehország ellen, ami a miniszterelnök korábbi kormányzása idején már megtörtént. Akkor az EU megtagadta néhány, az Agrofertnek szánt támogatás kifizetését.

A Transparency International jogi szakértői szerint Babiš jelenlegi megoldása valószínűleg ellentétes az uniós szabályokkal. A pénzügyi rendelet ugyanis kimondja, hogy

politikushoz közel álló személyek nem profitálhatnak uniós forrásokból, különösen, ha pozíciójuknál fogva befolyásolhatják a pénzek sorsát. Az alap statútuma szerint a miniszterelnök halála vagy kormányzati szerepének vége után az alap automatikusan Andrej Babiš három gyermekéhez kerülhet.

Emellett Babiš elméletileg maga is az alap kezelőjévé válhat, így közvetlen irányítást gyakorolhat az Agrofert felett anélkül, hogy a részvényeket birtokolná.

Babiš miniszterelnökké történő kinevezése után a cseh Állami Mezőgazdasági Intervenciós Alap ideiglenesen felfüggesztette az Agrofertnek szánt mezőgazdasági támogatások kifizetését. A hivatalos vizsgálat most azt tárgyalja, hogy újraindítsák-e ezeket a kifizetéseket.