Javier Dorado a Real Madridnál nevelkedett, 1999-ben debütált az első csapatban a Valencia elleni Király-kupa-mérkőzésen. A következő, 1999–2000-es szezonban hét tétmérkőzésen lépett pályára a Real Madridban, és több mint 400 percet játszott a Vicente del Bosque által irányított gárdában. Az idény végén Párizsban megnyerte a Bajnokok Ligáját a csapattal – írja az Index.

Dorado kölcsönjátékosként a Salamancánál és a Sporting Gijonnál futballozott a spanyol másodosztályban, majd 2002 nyarán a Rayo Vallecanóhoz került. Egy szezonnal később visszatért a Sporting Gijónhoz, amit aztán három évig erősített. 2006-ban elfogadta az élvonalbeli Mallorca ajánlatát. Három évre rá bejelentette visszavonulását, de 2011-ben visszatért, és egy szezonra aláírt az alacsonyabb ligában szereplő Atlético Baleareshez. Egy évre rá, 35 évesen végérvényesen elköszönt a profi labdarúgástól.

Dorado 2022 óta küzdött a rákkal, 2024 májusában csontvelő-átültetésen is átesett a mallorcai Son Espases kórházban.