Simon István 1969-ben szerzett fizikusi oklevelet az Eötvös Loránd Tudományegyetemen. 1975-ben lett a biológiai tudomány kandidátusa, majd 1987-ben a biológiai tudomány doktora.

2016-ban a Magyar Tudományos Akadémia levelező, majd 2022-ben rendes tagjává választotta.

1969 óta dolgozott a Természettudományi Kutatóközpont Enzimológiai Intézetében, illetve annak jogelődjeiben. Nyolc éven át volt a Magyar Bioinformatikai Társaság elnöke, és évtizedeken át volt a Magyar Biofizikai Társaság elnökségi tagja. A közelmúltban jelentős szerepe volt az MTA Bioinformatikai Osztályközi Tudományos Bizottság megalakításában és a hazai bioinformatikai kutatásokat a kontinens hálózatához kapcsoló ELIXIR Hungary létrehozásában.

A közleményben emlékeztetnek: Simon István kutatási területe a biofizika, a biokémia és a bioinformatika volt; szűkebb szakterületei közé tartozott a fehérjék szerkezetének és szerkezetszerveződésének vizsgálata fizikai-kémiai, elméleti és numerikus módszerekkel, valamint új fehérje bioinformatikai algoritmusok, adatbázisok és webszerverek létrehozása. 2014-ben és 2016-ban a Web of Science kiadó az elmúlt tíz esztendőben megjelent cikkekre történő hivatkozások alapján a szakterületén belül Highly Cited Researchernek (legtöbbet idézett kutató) választotta.

A fehérjetudomány területén végzett sikeres, világszinten is kiemelkedő visszhangú elméleti és számítógépes tevékenysége, valamint kiváló iskolateremtői, oktatói és tudományos közéleti aktivitása elismeréseként 2024-ben Széchenyi-díj kitüntetésben részesült.