Didier Reynders, az Európai Bizottság igazságügyi biztosa még februárban arra kérte a szlovák kormányt, hogy ne fogadja el gyorsított eljárásban a büntető törvénykönyv módosítását, mert az nincs összhangban az európai jogrenddel. A pozsonyi parlament ennek ellenére jóváhagyta a módosítást. Március végén a bizottság újabb levelet küldött Peter Kmec helyreállítási tervért felelős miniszterelnök-helyettesnek. A levélben arra figyelmeztetettek, hogy a különleges ügyészség felszámolása veszélybe sodorhatja az európai uniós támogatások felhasználásának ellenőrzését. Ha nem rendeződik a helyzet, akár hárommilliárd eurótól is eleshet Szlovákia az EU helyreállítási tervéből.
Az alap felhasználásáról szóló ütemtervben az előző kormány azt ígérte, hogy a lülönleges ügyészség felügyeli majd az uniós források átlátható felhasználását, ezt az intézményt azonban a kormány javaslatára megszüntették. Az Európai Bizottság szerint azonban így megszűnt az egyik legfontosabb ellenőrző szerv, ezért
a bizottság leállíthatja a helyreállítási alapból Szlovákiának szánt források kifizetését.
A tervek szerint a pozsonyi kormány kórházakat és egyéb projekteket finanszírozna a juttatásból.
Az ellenzék szerint a kormány veszélyezteti a források kifizetését. A Progresszív Szlovákia felszólította Robert Fico miniszterelnököt, hogy kezdjen el tárgyalni a helyzetről Brüsszelben, és vállalja a felelősséget. Michal Simecka pártelnök szerint több mint hárommilliárd euró értékű befektetés került veszélybe. A progresszívek visszautasítják Robert Fico szavait, melyek szerint az uniós források kifizetésének leállítása a „nyugat bosszúja” lenne azért, mert nem Ivan Korcokot választották meg államfőnek, ahogy azt Robert Fico Peter Pellegrini államfővé választása után mondta. Veronika Remisová parlamenti képviselő szerint
Szlovákia sosem volt még ilyen közel a kifizetések leállításához.
Peter Kmec helyreállítási tervért felelős miniszterelnök-helyettes visszautasítja az ellenzék állításait, szerinte fölöslegesen átpolitizálják a témát, és mindez az európai parlamenti választások előtti kampány része. Peter Kmec jelezte, hogy a héten válaszol az Európai Bizottság levelére. „Nagyon intenzív tárgyalások folynak az Európai Bizottsággal. Próbáljuk politikamentessé tenni ezt a vitát.
Mindannyiunk érdeke a 6,4 milliárd euró lehívása”
– jelentette ki a miniszterelnök-helyettes, megemlítve, hogy a konzultációk során sokszor olyan ügyekről van szó, amelyeket a mostani kormány az előző kormánytól örökölt.
A szlovák igazságügyi minisztérium szerint sincs ok a helyreállítási terv felfüggesztésére és az Európai Bizottság érvei nem valós tényeken alapulnak. „A bizottság érvelése és az érvelés alapjául szolgáló indokok nem valós tényeken alapulnak, minden tisztázatlan kérdést világosan meg fogunk magyarázni” – jelentette ki az igazságügyi minisztérium.