A Heron-projekt dolgozói a koronavírus-járvány nyomában rohanva igyekeznek a vírussal lépést tartani: emberek százai dolgoznak egy Cambridge mellett található kis faluban, ahol robotok és emberek közös munkájának eredményeképp zajlik a minták szekvenálása.
A teljes Nagy-Britannia területéről ide szállított mintákat ipari hűtőkben tárolják, ahol robot választja ki a pozitívakat közülük. Minták százait konszolidálják a gépek egyetlen fiolába, hogy aztán a laborban vegyi anyagok hozzáadása után üveglemezek közé préseljék a fiola tartalmát. A mintalap ezután kerül be a hatalmas fénymásológépre hasonlító szekvenálóba. Tizenöt óra múlva a gép akkora genetikai adathalmazt köp ki, hogy külön szerverfarm szükséges ezeknek tárolásához. Hetente tízezer mintát szekvenálnak ebben a laborban: ez nagyjából a világon egy hét alatt szekvenált minták negyedének felel meg.
Tűt keresnek a szénakazalban
A nehéz munka azonban csak ekkor kezdődik: a rengeteg adat közt meg kell találni azt, ami érdekes a kutatók számára.
"Azokat a mutációkat keressük, amelyektől gyorsabban terjed vagy veszélyesebb lehet a vírus,
és főleg most, hogy megkezdődtek világszerte az oltási programok, arra is figyelünk, hogy találunk-e olyan mutációt, amely az oltások hatását lehet képes semlegesíteni" – mondta a CNN-nek a helyszínen a koronavírus genomját Nagy-Britanniában kutatók munkáját koordináló Ewan Harrison mikrobiológus.
Harrison szerint elegendő minta szekvenálásával pontosan látható, hogyan haladt a fertőzés egy közösségen belül, hol voltak helyi gócok és szuperterjesztő események. "Ez a szekvenálás lényege" – mondja.
A Harrison koordinálta szervezet, a Covid-19 Genomics UK Consortium nagy szerepet játszott a brit variáns felfedezésében, mely Kentből kezdett el terjedni. A kentiek nem tartottak nagy bulikat és nem viselkedtek úgy, hogy az indokolta volna a fertőzésszám megugrását, mégis ez történt, miközben az ország többi részén csökkent az esetszám a lezárások hatására.
Nagyon egyedi vírustörzs
A felelőst a genomadatbázisban találták meg: ekkor
nagyjából minden tizedik mintát szekvenálták az országban.
A B.1.1.7 névre keresztelt variáns akár hetven százalékkal gyorsabban volt képes terjedni, és már szeptember óta jelen volt Kentben. Nem telt sok időbe, hogy Londonban és az egész országban is megjelenjen, ma pedig már hetven országban van ott.
Ravi Gupta, a Cambridge Egyetem professzora szerint a brit variáns olyan, mintha az eredetileg globálisan elterjedt törzs másodunokatestvére lenne. 23 mutáció különbözteti meg attól, különlegessége, hogy nagyon kevés "közeli rokona" van.
"Nagyon kevés, szinte nulla olyan szekvenciát találtunk, amely szoros viszonyban áll a B.1.1.7-tel. Gyakorlatilag olyan, mintha a semmiből ugrott volna elő" – fogalmaz Gupta.
Eredethipotézis van
Nem valószínű, hogy megtalálják azt az embert, akiben kialakulhatott ez a variáns, de Guptának van egy elmélete. Tavaly megfigyelt egy immunszuppresszált állapotú koronavírusos beteget, aki több mint három hónapig nem tudott megszabadulni a vírustól. Az ellene küzdeni képtelen testben a vírus sokkal többet tudott mutálódni, mint az emberről emberre történő átlépések során. Gupta szerint okkal aggasztanak mindenkit a mutációk: máris rezisztensebbek az immunrendszerrel és az oltással szemben is. Ahhoz, hogy az oltásokat át lehessen alakítani, hogy azok az új variánsok ellen is védjenek, mintákat kell szekvenálni – nem minden ország képes azonban erre.
"Brit, dél-afrikai és a brazil változatról beszélünk, miközben valószínűleg csak ezek az országok rendelkeznek fejlett szekvenálókapacitással,
variánsok viszont keletkeztek másutt is, csak ezekről egyszerűen nem tudunk"
– mondta Ruairidh Villar, Anglia közegészségügyi szóvivője. Gupta és Harrison szerint hasonlóan veszélyes, ám ismeretlen törzsek már jelenleg is terjedhetnek, mivel immunszuppresszált emberek mindenhol élnek a világ körül, szekvenálási kapacitás azonban kevés helyen van. Emiatt Nagy-Britannia fel is ajánlotta segítségét azon országoknak, amelyek nem tudnak ilyen mennyiségű mintát elemezni – a részletek kidolgozása jelenleg is zajlik.
Minden Infostart-cikk a koronavírusról itt olvasható!