A nemzetközi természetvédelmi szervezet adatai szerint jelenleg alig több mint százezer borneói orangután él a Föld harmadik legnagyobb szigetén, Bornenón, ám számításaik szerint 2025-re alig marad 47 ezer egyed. Az 1970-es évek elején még 288 500 borneói orangután élt a térségben.
A főemlős Borneó trópusi esőerdőiben él, amelyek gyors ütemben pusztulnak a legális és illegális fakivágások következtében. A borneói esőerdők 40 százalékát irtották ki az 1970-es évek eleje óta, hogy helyükön pálmaolaj ültetvényeket hozzanak létre. Indonézia a pálmaolaj legnagyobb exportőre a világon.
A vadászat is jelentős mértékben hozzájárul a populáció csökkenéséhez, mivel a faj nem szapora, csupán hat-nyolc évente hoznak világra egyetlen utódot. Az IUCN becslései szerint évente két-háromezer borneói orángutánt öltek meg az elmúlt négy évtizedben főként húsukért.
A térségben élő orángutánok az indonéziai Szumátra és az Indonéziához, Malajziához és Bruneihez tartozó Borneó szigetén élnek. A szumátrai orangutánt még 2008-ban súlyosan veszélyeztetett fajnak nyilvánította az IUCN. Mindkét faj védett állatnak számít Indonéziában és Malajziában, ám élőhelyük nagy részét nem védi semmilyen törvény.