1957. február 8-án Kartúmban alapította meg Egyiptom, Etiópia, Dél-Afrika és a rendező Szudán képviselője a kontinens labdarúgó-szövetségét. Ezzel egy bő féléves tárgyalássorozat végére került pont: az előző évi, június 7-i lisszaboni FIFA-kongresszuson, az egyiptomiak, a dél-afrikaiak, a szudániak és a szomáliaiak már tervbe vették egy, az UEFA-éhoz hasonló szervezet létrehozását. Két nappal később az alapítók háromnegyede számára kiírták az első Afrikai Nemzetek Kupáját. Egyiptom, Szudán és Etiópia mellett szívesen részt vett volna a tornán Dél-Afrika is, de a többiek kizárták, mivel a válogatott kizárólag fehér játékosokat kívánt pályára küldeni, kizárva a feketéket. Így aztán az első afrikai kontinensbajnokság mindössze két mérkőzésből állt.
Az első elődöntőből az ellenfél nélkül maradt etiópok, a másodikból a világbajnoki ezüstérmes magyar kapus, Háda József által irányított szudániakat 2:1-re legyőző egyiptomiak jutottak a fináléba. (Miután az etiópok nem voltak hajlandóak körmérkőzést játszani a tornán, ragaszkodtak ahhoz, hogy egyenesen a döntőbe kerüljenek.) A végjátékban nem volt egy súlycsoportban a két tizenegy: Egyiptom együttese 4:0-ra verte Etiópiát. A torna végén az egyiptomiak játszottak még egy barátságos meccset is a szudániakkal, hogy a rendezők pótolni tudják a dél-afrikaiak kizárása miatt elmaradt mérkőzés okozta bevételkiesésüket.
Azt is megnyerték, mégpedig 4:3-ra. Pedig a szudániak nagyon erősek voltak akkoriban. Nem túlzás: ma már aligha gondolnák, milyen erősek. Legjobb játékosaik Szaúd-Arábiába költöztek, ahol a futballt felvirágoztatni szándékozó gazdag klubtulajdonosok jól fizető állásokkal várták őket. Az 1956-os szezon végén hazatértek, játszottak a Murada nevű klubban, s részt vettek az első Afrikai Nemzetek Kupáján. Aztán, amikor az véget ért, visszamentek Szaúd-Arábiába. Pénzt keresni – meg játszani a válogatottban. Nem tévedés: a szaúdiban. Az 1957. őszi, bejrúti Arab Kupán szereplő csapatban mindössze két szaúdi kapott helyet a vendégjátékosok mellett.
Az 1959-es, második kiírás is különleges volt: három, közép-európai szövetségi kapitány vezette válogatott vett részt rajta Kairóban. Az Egyiptom és Szíria egyesüléséből létrejött, házigazda Egyesült Arab Köztársaság együttesét Titkos Pál, Szudánét Háda József, míg Etiópiáét a cseh Jiří Starosta dirigálta. A torna legjobb játékosa és egyben gólkirálya Mahmud El-Gohary lett, aki aztán edzőként is megnyerte az egyiptomiakkal a kontinensbajnokságot. (Rajta kívül csupán a nigériai Stephan Keshi diadalmaskodott az Afrikai Nemzetek Kupáján játékosként és szövetségi kapitányként is.)
Az Afrikai Nemzetek Kupájának harmadik kiírását Etiópiában, Hailé Szelasszié császár országában rendezték 1962-ben, az eritreai konfliktus miatt meglehetősen zavaros belpolitikával terhelt időben. Etiópia rendezőként megnyerte a négycsapatos tornát, valójában a legcsekélyebb mértékben sem etióp sztárokkal… A döntő gólt is szerző Italo Vassalo, valamint bátyja, a csapatkapitány Luciano az akkori olasz gyarmaton, Olasz-Eritreában született, egy olasz katona és egy eritreai hölgy kapcsolatából. Miután Eritrea Etiópia része lett 1952-ben, ők is etióp állampolgárok lettek, így kerültek be aztán a válogatottba.
1963-ban Ghána megnyerte első Afrika-bajnoki címét. Szövetségi kapitánya Fekete-Afrika első híres edzője, az akkor néhány nap híján mindössze 34 éves Charles Kumi Gyamfi volt, aki később, 1965-ben és 1982-ben is megnyerte a tornát a ghánaiakkal. Három elsőségével mindmáig társrekorder az egyiptomi Hasszan Sehatával. Gyamfi volt az első afrikai játékos, aki az NSZK-ba szerződött, 1960–1961-ben a Fortuna Düsseldorf csatára volt.
1968-ban Kongó-Kinshasa (mai nevén Kongó DK) válogatottja legyőzte a döntőben a ghánaiakat. A szövetségi kapitányok alapján: Csanádi Ferenc legyőzte a későbbi világbajnokot, Carlos Alberto Parreirát. Egyébként magyar edző, Szűcs Ferenc vezette a negyedik helyezett etióp válogatottat. Maradva a szövetségi kapitányoknál: a szenegáliakat Lamine Diack, a Nemzetközi Atlétikai Szövetség későbbi elnöke dirigálta.
1970-ben Szudánban – Szudán nyerte a Ghána elleni döntőt. A „fekete csillagok” nem vettek részt a díjkiosztó ünnepségen. Az első változat az volt, hogy elégedetlenek voltak a bírói működéssel, aztán azt mondták, nehezményezték, hogy a forgatókönyv szerint először a győztesek kapták meg az érmeiket, s csak utána jöttek volna a ghánaiak. A szudáni államelnök, Dzsafar Muhammed Nimejri azonnal kiutasította a ghánai küldöttséget az országból. A szudáni válogatott egyik legjobb játékosa, Ali Gagarin néven játszott – eredeti neve ugyan Hajdar Hasszán Hadzs el-Szidik volt, de gyors, üstökösszerű feltűnése után a világ első űrhajósáról kapott becenevet, amelyet aztán sportnévként fel is vett. Pályafutása után a külügyminisztériumba került, nagykövet lett, már ismét az eredeti nevén.
1972-ben rendezett először Kamerun, s nyert először Kongó. 1974-ben ellenben Zaire, a korábbi Kongó-Kinshasa igazolta: nem csak a vb-re kijutás a jele annak, hogy övé Afrika legerősebb válogatottja. 1976-ban Marokkó győzött. 1978-ban Ghána otthon visszaült a trónra. Két évvel később Nigéria rendezte és Nigéria nyerte meg az Afrikai Nemzetek Kupáját. A Szuper Sasok először szerezték meg a kontinensbajnoki címet, a nyolcvanas években kezdődött korosztályos sikerek, illetve az aranygenerációjuk kilencvenes évekbeli diadalai előtt ez volt az ország futballjának első nagy eredménye. Szövetségi kapitányuk, a brazil Otto Gloria 1966-ban vb-bronzérmes lett a portugálokkal.
1982-ben dőlt el először a trófea sorsa tizenegyespárbajban. A házigazda líbiai válogatott Göltl Béla irányításával döntőbe jutott, de ott „szétlövésben” kikapott a ghánaiaktól. Abban az évben keltett nagy szenzációt a spanyolországi világbajnokságon a kameruni válogatott, amely aztán 1984-ben Afrika bajnoka lett. A győztes oldalon olyan, világhírre emelkedett futballisták játszottak, mint Joseph-Antoine Bell, Emmanuel Kunde, Theophile Abega és Roger Milla. A „szelídíthetetlen oroszlánok” 1986-ban kikaptak az egyiptomiaktól a döntőben, de 1988-ban megint nyertek, az volt az aranygenerációjuk, amelyik aztán az 1990-es vb-in is tündökölt. A marokkói fináléban a nyolcvanas évek szinte „örök másodikját”, a háromszor is ezüstérmes nigériai csapatot verték meg.
A Mondiale évében nem nyertek, nem vették komolyan az algériai Afrikai Nemzetek Kupáját. Algirban 114 000 (!) néző látta, ahogy a döntőben a házigazdák 1-0-ra megverik a nigériai „Szuper Sasokat”. A győztes algériai válogatott keretében négy európai légiós szerepelt, Djamel Amni az RFC Antwerpből, Rabah Madjer a Portóból, Chérif Oudjani a Sochaux-ból és Djamel Menad a Nîmes-ből. A JS Kabylie soraiból kapott meghívót Naçer Bouiche, aki néhány hónappal később a Ferencváros csatára lett.
Harminc éve szenzációs döntőt vívott Elefántcsontpart Ghanával. A dakari döntőben – amelyből eltiltása miatt hiányzott a ghánaiak és a torna legjobb mezőnyjátékosa, Abedi Pelé – 120 percen keresztül nem esett gól, megint csak tizenegyesek következtek. A futballtörténelemben példátlan módon minden játékosnak lőnie kellett, olyan sokáig nem dőlt el a csata. Huszonkét rúgóból, a kapusokat is beleértve, csupán hárman hibáztak, az alapsorozatban az elefántcsontparti Tiéhi és a ghánai Asara, majd a második körben, 23. és 24. végrehajtóként a „szétlövés” első két rúgását értékesítő Aka és Baffoe következett, újra. Az elefántcsontparti a kapuba talált, Anthony Baffoe, a diplomatagyerekként az NSZK-ban felnőtt hátvéd hibázott, s ezzel eldőlt az 1992-es Afrikai Nemzetek Kupája döntője.
Az 1994-ben az Egyesült Államokban rendezett világbajnokság történéseinek ismeretében, az ott a „Szuper Sasoktól” látott parádés teljesítmény felidézésével aligha kell csodálkozni azon, hogy a holland Clemence Westerhof legénysége megnyerte az Afrikai Nemzetek Kupája kiírását az előző tavasszal. A kontinensbajnokság meglepetése a zambiaiak csodálatos menetelése volt. Alig egy évvel a torna előtt lezuhant a válogatott Gabonba tartó gépe, a küldöttség minden tagja szörnyethalt. A legnagyobb sztár, Kalusha Bwalya, óriási szerencséjére nem otthonról, hanem a PSV játékosaként Hollandiából indult a világbajnoki selejtezőre. Így maradt életben. A tragédia után teljesen újjá kellett szervezni a válogatottat. Zambia Erejének nevezték el az ország szurkolói az új csapatot, amelyet Tunéziában csak a nigériaiak tudtak legyőzni.
Politikai értelemben rendkívül fontos és különleges volt a torna, amelyet Dél-Afrika rendezett. Az apartheid politikája miatt sokáig hiányzó válogatott ekkor tért vissza a mezőnybe. Meg is nyerte. A játék színvonala, főleg a nigériaiak hiányzása miatt, nem érte el az előző tornákét.
1998-ban Burkina Fasóban találkoztak Afrika legjobb válogatottjai. A kor legerősebb válogatottja, az olimpiai bajnok Nigériai büntetésből nem indulhatott. Az Afrikai Labdarúgó-szövetség így szankcionálta a Szuper Sasok 1996-os visszalépését a Nemzetek Kupájától. Az egyiptomiak nyertek.
2000-ben rendezett először két ország együtt, Nigéria és Ghána. A lagosi döntőben, hatvanezer néző előtt, ismét tizenegyespárbaj döntött, ebben a kameruniak legyűrték a nigériaiakat. Mint ahogyan aztán fél évvel később az olimpiai döntőt is megnyerték a spanyolok ellen, tizenegyesekkel. Az Alioum Boukar – Womé – Song, Kalla (Mettomo), Njanka – Njitap, Foé, Olembé, Lauren – Eto’o (Job), Mboma összeállítású csapat szinte minden tagja karriert csinált Európában, a legnagyobbat Samuel Eto’o. Mi több, aztán a 2002-es Afrikai Nemzetek Kupáját is megnyerték, megint csak tizenegyesekkel.
2004-ben Tunéziában, csodálatos hangulatú döntőben, a házigazda válogatott nyert. Az ország és annak futballszövetsége mindent megtett azért, hogy a kétezres évek közepére újból Afrika legjobbjai közé emelkedjen a válogatott. Nyilván nem került kevésbé a franciákkal Európa-bajnoki címet nyerő szövetségi kapitány, Roger Lemerre leszerződtetése sem, mint ahogy a kontinensbajnokság megrendezése sem. Mindkettő kitűnő ötletnek bizonyult. Roger Lemerre mindmáig az egyetlen Európa-bajnok edző, aki Afrika bajnoka is lett. Csapatában két brazíliai születésű, honosított futballista is játszott: José Clayton és Francileudo Santos.
2006-ban Egyiptom fogadta a kontinens legerősebb válogatottjait a 25. Afrikai Nemzetek Kupáján. Még egy szempontból jubileumi volt a torna: egyben az Afrikai Labdarúgó-szövetség a megalapításának 50. évfordulóját ünnepelte 2006-ban. A tornán egyedül a házigazda „Fáraók” tudták felvenni a versenyt a legerősebb fekete-afrikai csapatokkal, az elefántcsontpartival, a nigériaival és a szenegálival. Mi több, megnyerték a tornát, az Afrikai Nemzetek Kupáján nem ritka tizenegyespárbajban. Ebben az elefántcsontpartiak legnagyobb csillaga, Drogba, valamint Bakary Koné is hibázott. Két évvel később, Ghanában az egy gólt hozó döntőben a Fáraók megvédték elsőségüket a kameruniakat legyőzve. Mindössze negyedszer fordult elő az afrikai bajnokság 1957 óta íródó történetében, hogy a címvédő győzzön a tornán.
2010-ben Terrortámadás miatt lépett vissza Togo. Január 8-án, két nappal a 27. Afrikai Nemzetek Kupája rajtja előtt fegyveres támadás érte a tornára utazó togói válogatott buszát az Angolához tartozó exklávéban, Cabindában. Az akcióban – amelyet a FLEC-PM, egy, a terület függetlenségéért harcoló félkatonai szervezet hajtott végre – elhunyt Améleté Abaloand edző, Stanislaud Ocloo gyúró és az autóbusz sofőrje. Több futballista súlyos sérüléseket szenvedett. Bár a játékosok többsége, az áldozatok emléke előtt tisztelegve, hajlandó lett volna pályára lépni a tornán, országuk kormánya hazarendelte a válogatottat. Az Afrikai Labdarúgó-szövetség (CAF) később a kormányzati befolyásolás miatt eltiltotta a következő két kontinensbajnokságtól a togói csapatot, s mellékbüntetésként 50 000 dolláros bírsággal is sújtotta. A togóiak végül a svájci Sportdöntőbíróságra vitték az ügyet, ahol nyertek. A tornát a sorozatban harmadszor bajnok egyiptomiak nyerték, a döntőben Ghanát legyőzve.
A 2012-ben Gabonban és Egyenlítői Guineában rendezett tízenhatos döntőben meglepetés született: Zambia diadalmaskodott. Az előző három kiírást kivétel nélkül megnyerő Egyiptom belpolitikai válsága miatt hiányzott, míg az afrikai futball további hatalmasságai közül Kamerun, Algéria, Nigéria és Dél-Afrika nem tudta kiharcolni a részvételt. Líbia és Tunézia igen, s még az „arab tavasz” viharos eseményei sem tudták meghiúsítani e két válogatott részvételét.
2013-ban, Dél-Afrikában a tizenkilenc év után ismét bajnok nigériaiak 1-0-ra verték a döntőben az addigi szereplésével óriási meglepetést keltő Burkina Fasót. Stephen Keshi játékosként szerzett sikere után szövetségi kapitányként is Afrika bajnoka lett.
2015-ben megtört a jég: Elefántcsontpart nagy generációja végre a kontinens bajnoka lett. A döntő szétlövésében a két kapus is sorra került. A ghánai Brimah Razak hibázott, kollégája, Boubacar Barry – aki 35 évesen az első számú kapus, Sylvain Gbohouo sérülése miatt kapott szerepet – kivédte a lövést, aztán összeesett. Görcsöt mímelt, ápolást kért, talán csak egy kis időt akart nyerni, hogy fújjon egyet, hogy összpontosíthasson. Aztán odaállt a mészpontra letett labda mögé és tizenegyesével megnyerte a trófeát az elefántcsontpartiaknak. Az „elefántok” történetük során másodszor hódították el az Afrikai Nemzetek Kupáját. Amikor 1992-ben először diadalmaskodtak, akkor is a ghánaiakat verték, ugyancsak 0-0 után 11-10-re megnyerve az idegölő párbajt. Ehhez képest 2015-ben simán nyertek. Már a kilencedik sikeres tizenegyes győzelmet hozott.
2017-ben Gabonban rendezték az Afrikai Nemzetek Kupája 31. kiírásának döntőjét. A kontinens labdarúgó-szövetsége eredetileg Libiának ítélte a rendezési jogot, majd az országot sújtó polgárháború miatt „áthelyezte” a tornát Gabonba. Két, az Afrikai Nemzetek Kupája örökranglistáján előkelő helyen álló válogatott vívta a döntőt, az ötödik elsőségét szerző kameruniak 2-1-re verték a korábbi hétszeres győztes egyiptomi válogatottat. A belga Hugo Broos által irányított kameruni legénység sikere meglepetést keltett, mivel a torna előtti harminc napban nyolc játékos mondta le a részvételt, köztük André Onana, az Ajax kapusa, Joël Matip, a Liverpool védője és Éric Choupo-Moting, a Schalke 04 csatára.
A legutóbbi Afrikai Nemzetek Kupáját Egyiptomban Algéria nyerte meg, mégpedig Szenegál ellen. Már a válogatott menetelése is óriási örömöt váltott ki Algériában, sőt Franciaországban is, ahol az ottani nemzeti ünnephez kapcsolódva randalíroztak algériai szurkolók. Párizsban, Marseille-ben és Lyonban összesen több mint kétszázötven futballhuligánt tartóztattak le. A zavargások aztán folytatódtak a finálé után is, miután a huszonkét légióst benevező algériai csapat Bunedzsah szerencsés góljával 1-0-ra legyőzte az esélyesebb szenegáliakat.