Málagához közel, a Naposparton (Costa del Sol), Vélezben született, 1968. március 23-án. Anyja családi nevén futballozott, teljes neve Fernando Ruíz Hierro. A hierro szó jelentése vas.
Apja futballistaként a harmadik ligáig vitte, sőt Fernando mindhárom bátyja, Pepe, Antonio és Manuel is eljutott valamelyik ligacsapatig. A legtehetségesebb Manuel, azaz Manolo - Spanyolországban Hierro I - volt közülük, aki a Málaga, a Valladolid és Tenerife színeiben szerepelt az élvonalban.
Fernando Málagában kezdett, majd az élvonalban a Valladolidban mutatkozott be. 1989-ben - körülbelül másfélmillió dollárért - leszerződtette a Real Madrid. Azonnal állandó helyet vívott ki magának a csapatban, középhátvéd létére az első két szezonjában egyaránt hét gólig jutott.
Ám sem John Toshack, sem Alfredo Di Stefano nem kapacitálta őt arra, hogy bátrabban törjön előre. 1991 márciusában Radomir Antics vette át a csapat irányítását, aki a középpályássor és a támadó duó közé vezényelte az addigra már válogatott játékost. Meglett az eredménye: Fernando Hierro 21 góllal, házi gólkirályként zárta a bajnoki idényt. Ám Anticsot felváltotta Leo Beenhakker, majd újabb és újabb edzők következtek (Valdanótól Del Bosquéig hosszú volt a lista...), akik fontosabbnak vélték, hogy Hierro a védelmet erősítse.
A Madriddal spanyol bajnok (1990, 1995, 1997, 2001, 2003), Spanyol Kupa-győztes (1993), spanyol Szuperkupa-győztes (1990, 1993, 1997, 2001), BL-győztes (1998, 2000, 2002), Világkupa-győztes (1998, 2002), európai Szuperkupa-győztes (2002) lett. A spanyol élvonal történetében soha, senki sem kapott annyi sárga lapot, mint ő, búcsújakor jóval túljárt a századikon.
A válogatottban 1989-ben a lengyelek ellen debütált, és a 2002-es világbajnokságon, a dél-koreaiak elleni vereség után búcsúzott. Nem játszó kerettag volt már az 1990-es világbajnokságon. Vicente Mieira támadó középpályássá léptette elő, s ha Clementénél többnyire a védekezés is volt a dolga, többször is fontos gólokat szerzett pályafutása során.
Õ fejelte például 1993-ban a dánok elleni, az amerikai vébérészvételt érő gólt, majd mind az öt meccsen szerepelt, sőt gólt is szerzett a World Cupon. Õ volt a veretlen spanyolok "házi gólkirálya" az 1996-os Eb-selejtezőkön, s egy meccsről sem hiányzott az angliai fináléban. Ellentétben a válogatottbeli társak nagy részével, nem mondott csődöt a franciaországi mondialon sem, rajta kívül csak Morientes szerzett két gólt.
Részt vett a 2000-es Európa-bajnokságon, s egyedüli spanyolként bekerült a világbajnokság All Star-csapatába a Távol-Keleten. A válogatott gólszerzőinek örökranglistáján csak Raúl előzi meg, mint ahogy a szereplések számát tekintve, a mezőnyjátékosok közül is csak egykori klubtársa áll előtte. 91 válogatott mérkőzésén 31 gólt szerzett.
A Real Madridtól 2003-ban - akarata ellenére - elküldték. Játszott egy szezont Katarban, az el-Rajjannál, majd Angliában, a Boltonban futballozott. Egyetlen szezon után visszavonult, pedig Sam Allardyce, az akkori menedzser nagyon kapacitálta a folytatásra.
Azóta sokszor rebesgették, hogy visszatér - vezetőként - a Real Madridhoz. A soros elnökök nem kínáltak állást neki, ellenben a szövetség igen.