A tárca tájékoztatása szerint "terroristák" egy rajtaütés során meglőtték a testőreivel együtt az autójában ülő Mohszen Farizadét a fővárostól keletre fekvő Ab-Szard településen, egy másik járművet pedig felrobbantottak.
A 63 éves férfi később belehalt a sebesülésébe, és kórházba szállítása után "mártírhalált" halt - írták.
Mohamed Dzsavád Zaríf iráni külügyminiszter kijelentette, hogy Izraelnek valószínűleg köze van a merénylethez, bizonyítékokat azonban nem mutatott be.
A helyi hatóságok arról számoltak be, hogy több támadóval is végeztek a merényletet követően.
A tudós az iráni Forradalmi Gárda tagja volt, a rakétagyártás szakértője, akit nyugati országok az iráni nukleáris fegyver kifejlesztését célzó titkos program egyik vezetőjeként tartottak számon.
A Farsz iráni hírügynökség szerint Farizade régóta az izraeli titkosszolgálat célkeresztjében van.
Az Irán legfelsőbb vallási és politikai vezetőjének számító Ali Hamenei ajatollah katonai tanácsadója péntek délután ígéretet tett arra, hogy keményen le fognak csapni a merénylet felelőseire, akik "meg fogják bánni tetteiket".
Az iráni atomenergia-ügynökség szóvivője korábban tagadta a merényletről szóló híreket, kiemelve, hogy "atomtudósaink mindannyian jól vannak", azonban később a külügyminisztérium megerősítette a támadás tényét.
A történtek nyomán várhatóan tovább fog fokozódni a feszültség Irán és az Egyesült Államok között.
2010 óta több iráni atomtudóst is megöltek. Teherán az Egyesült Államokat és Izraelt vádolja a merényletek kitervelésével, aláhúzva, ily módon akarják akadályozni az ország nukleáris programjának végrehajtását.