Az 1848-1849-es szabadságharc leverését kegyetlen megtorlás követte. A közkatonák amnesztiát kaptak ugyan, de sokukat besorozták a császári seregbe, a magasabb rangú tisztek, tisztviselők pedig hadbíróság elé kerültek. A tárgyalások sorrendjét a "bűnösség" foka határozta meg: elsőként a "főbűnösök", a csehországi Olmützben (Olomouc) Batthyány Lajos, Aradon pedig a honvédsereg önálló seregtestet vezénylő főtisztjeinek perét folytatták le.
A tisztségéről 1848. október 2-án lemondó Batthyányt 1849 januárjában tartóztatták le a Pestet elfoglaló Windisch-Grätz herceg katonái. A szabadságharc bukása idején már a csehországi Olmützben raboskodó politikust 1849. augusztus 30-án a haditörvényszék a császári udvar nyomására koncepciós eljárásban felségárulás miatt kötél általi halálra és teljes vagyonelkobzásra ítélte, de a vádat és védelmet egyaránt képviselő hadbíró kegyelemre ajánlotta. (Batthyány ellen nem Magyarországon, a magyar jog alapján, hanem a rá nézve kedvezőtlenebb osztrák katonai jog alapján jártak el, megsértve azt a bécsi utasítást is, hogy a vádlottak csak a magyar parlament 1848. október 3-i feloszlatása utáni forradalmi cselekményekért vonhatók felelősségre, ugyanis a vád alapját Batthyány korábbi cselekményei alkották.) A kegyelemre ajánlást Ausztriában az íratlan szabály szerint figyelembe kellett venni, ezért Batthyányt Pestre vitték, ahol a Magyarországot teljhatalommal kormányzó Haynau táborszernagy 1849. október 5-én megerősítette az ítéletet.
Aradon 1849. szeptember 26-án tizenhárom tábornokot és egy ezredest (Lázár Vilmost, aki szintén önálló seregtestet irányított) ítéltek halálra felségsértés és lázadás miatt. Haynau ezt szeptember 30-án hagyta jóvá, de Gáspár András (Ferenc József egykori lovaglómestere) büntetését az utolsó pillanatban börtönre változtatták.
A kivégzéseket október 6-ra, az egy évvel korábbi bécsi felkelés és Latour osztrák hadügyminiszter meglincselésének évfordulójára időzítették. Batthyány a börtöneként szolgáló pesti Újépületben előző éjszaka egy becsempészett tőrrel nyakon szúrta magát, és súlyos vérvesztesége miatt nem lehetett végrehajtani a megbecstelenítőnek számító, jobbára köztörvényeseknél alkalmazott akasztást. Mivel a kivégzésnek meg kellett történnie, Johann Kempen altábornagy, a pest-budai katonai kerület parancsnoka a kötél általi halálbüntetést saját hatáskörben "porra és golyóra" változtatta - a hír hallatán Haynau később idegrohamot kapott. Batthyány nem engedte a szemét bekötni, és maga vezényelt tüzet a kivégzőosztagnak, utolsó szavai három nyelven hangzottak el: "Allez, Jäger! (Rajta, vadászok!) Éljen a haza!" Kivégzésének színhelyén, az egykori Újépület falánál 1926. október 6-án avatták fel a Pogány Móric tervei alapján készült Batthyány-örökmécsest, amely a szabadság jelképe, a kádárizmus utolsó éveiben a március 15-i ellenzéki tüntetések rendszeres színhelye lett. Magyarország első miniszterelnökének hamvai a Fiumei úti Nemzeti Sírkertben, a Batthyány-mauzóleumban nyugszanak.
Aradon ugyancsak október 6-án végezték ki a tizenhárom honvéd főtisztet: Aulich Lajost, Damjanich Jánost, Dessewffy Arisztidot, Kiss Ernőt, Knézich Károlyt, Láhner (Lahner) Györgyöt, Lázár Vilmost, Leiningen-Westerburg Károlyt, Nagysándor Józsefet, Poeltenberg Ernőt, Schweidel Józsefet, Török Ignácot és Vécsey Károlyt. A golyó általi halálra "kegyelmezett" Kisst, Schweidelt, Dessewffyt és Lázárt hajnalban lőtték agyon a vár északi sáncában, a többi elítéltet ezután a vártól délre sebtében összetákolt bitófákra akasztották fel. A holttesteket elrettentésül estig az akasztófán hagyták, de éppen az ellenkező hatást érték el, mert a kivégzés helye valóságos búcsújáró hellyé vált. Ma az egykori vesztőhelyen emlékoszlop áll, a vértanúk emlékét a városban az 1890-ben felavatott, 1925-ben eltávolított, végül 2004-ben visszaállított Szabadság-szobor, Zala György munkája őrzi.
Aradon még három honvédtisztet végeztek ki: "az első aradi vértanú" Ormai Norbert honvéd ezredest augusztus 22-én Haynau személyes utasítására ítélték el és még aznap felakasztották, Kazinczy Lajos honvéd ezredest (Kazinczy Ferenc fiát) október 25-én lőtték fejbe, Ludwig Hauk alezredest, Bem tábornok osztrák hadsegédét 1850. február 19-én akasztották fel. A vértanúk perében vádlott volt Lenkey János tábornok is, de mivel a börtönben megtébolyodott, megszüntették ellene az eljárást, Lenkey 1850 februárjában a várbörtönben halt meg. A szabadságharc utáni megtorlások alatt hozzávetőleg 500 halálos ítéletet hoztak, és mintegy 110-et hajtottak végre. Az emigránsokat in effigie - távollétükben - végezték ki, azaz nevüket az akasztófára szögelték. A bosszúhullám csak 1850 júliusától mérséklődött, amikor az általános európai felháborodás miatt a bécsi udvar nyugdíjazta a "hatáskörét túllépő" Haynaut.
A kormány 2001. november 24-én nemzeti gyásznappá nyilvánította október 6-át. Ezen a napon az állami lobogót félárbócra eresztik, a középületekre kitűzik a gyászlobogót, az iskolákban megemlékezést tartanak.