2021 eleje leszálló ágában találta Magyarországon a koronavírus második hullámát. A járványügyi intézkedések a tömeges oltásra koncentráltak. Magyarországon az Unióban mindenkit megelőzve 2020. december 26-án kezdték meg az oltást a Pfizer készítményével. Miután januárban a Moderna és az Astra Zeneca oltóanyaga is engedélyt kapott, Magyarországon is megkezdték a használatát. Elsőként az egészségügyi dolgozók vehették fel a vakcinát, később az idősotthonok lakói, majd a többi idős, valamint a krónikus betegségben szenvedő lakosok.
Mielőtt az uniós hatóságok engedélyezték volna, a magyar hatóságok külön veszélyhelyzeti alkalmazási engedélyt adtak ki az orosz Szputnyik V és a kínai Sinopharm vakcinára. Ezt az az Országos Gyógyszerészeti és Élelmezés-egészségügyi Intézet által felkért szakértők is kifogásolták, mert a készítményeken nem végezték el az úgynevezett „harmadik klinikai vizsgálati fázist”. Szentiványi Mátyás, az OGYÉI főigazgatója személyesen tájékozódott Moszkvában az orosz oltásról. Akkor az InfoRádiónak azt mondta: minden kérdésére megnyugtató választ kapott.
Bár a keleti vakcinákat a szakértők és az ellenzék is kritizálta, februártól megkezdődött velük az oltás. A miniszterelnök a közös uniós vakcinabeszerzés lassúságát bírálta, és azt hangsúlyozta, hogy az orosz és a kínai oltóanyag nélkül nagy bajban lenne az ország. Májusban végül a kormány úgy döntött, hogy Magyarország nem vesz részt a koronavírus elleni vakcinák uniós beszerzésének folytatásában, novemberben végül visszalépett a programba.
Mivel az év első negyedében nem volt elegendő oltóanyag, sokáig a vakcinák között sem igen lehetett válogatni. Sokan nem fogadták el az először felkínált oltást, a keleti vakcinákkal szemben nagy volt a bizalmatlanság, holott február végén Orbán Viktor is Sinopharm készítményt kapott.
Ahogy a miniszterelnök is utalt rá, februárban emelkedni kezdtek az esetszámok. Február 18-án Müller Cecília országos tisztifőorvos bejelentette, hogy elkezdődött Magyarországon a koronavírus-járvány harmadik hulláma.
Március 8-án a járvány miatt szigorú korlátozásokat vezettek be: bezártak például az óvodák és az általános iskolák, és az üzletek nagy része is. A napi új estek száma ekkor 5000-6000 körül alakult, csaknem 8000-en voltak kórházban és 800-an lélegeztetőgépen. A halottak száma naponta 110 felett volt.
A védelmi intézkedéseket végül fokozatosan, április 7-től oldották fel. Amikor a legalább egyszer oltottak száma elérte a 2,5 milliót, kinyithattak a boltok és a szolgáltatások. A beoltottak száma április végén elérte a 3,5 milliót, ekkor megnyithattak a vendéglátóipari egységek teraszai.
Az ötmilliomodik oltás beadása után, május 23-án véget ért a kijárási tilalom, a közterületi maszkviselés és az ingyenes parkolás is. Július 3-án, miután a beoltottak száma elérte az 5,5 milliót, a zárt helyeken megszűnt a kötelező maszkviselés. Az egyszer oltottak száma végül november 15-én érte el a hatmilliót. Tavasszal egyébként az átoltottak lakosságarányos számát tekintve Európában az elsők között volt Magyarország, később azonban hazánk visszacsúszott a listán
A járvány harmadik hulláma június elejére csengett le. Az operatív törzs rendszeres sajtótájékoztatói ekkor megszűntek
Nehezítette a harmadik hullám kezelését, hogy az állami egészségügyi dolgozóknak március 1-jéig kellett aláírniuk az új jogállási törvénynek megfelelő munkaszerződést. Sok egészségügyis panaszkodott arra, hogy a szerződéseket csak az utolsó pillanatban kapták meg, nem hagytak időt, lehetőséget az áttanulmányozásra. Az egységes, a kollektív szerződést tiltó munkaszerződés számos kritikát váltott ki, és több helyről érkeztek jelzések, hogy az egészségügyisek tömegesen nem írják alá, inkább elhagyják az ágazatot. Az Országos Kórházi Főigazgatóság szerint végül a dolgozók több mint 96 százaléka elfogadta az új feltételeket. Mintegy 4000 dolgozó azonban otthagyta az állami egészségügyet, feltehetően olyan szakemberek, akikre nem vonatkozott a korábbi béremelés.
Vitát váltott ki tavasszal a közfeladatot ellátó közérdekű vagyonkezelő alapítványok ügye is. Az erről szóló sarkalatos törvényt április végén fogadta el az Országgyűlés. A jogszabály értelmében alapítványi fenntartás alá került a magyar felsőoktatás nagy része, az állam több ezermilliárd forintnyi közvagyont adott oda a frissen létrehozott szervezeteknek. Az ellenzék az Alkotmánybírósághoz fordult, és kérte a jogszabály megsemmisítését.
Ekkor pattant ki egy másik felsőoktatást érintő ügy is: a Fudan egyetemé. Kormányzati dokumentumok szerint kínai hitelből, már előre kiválasztott kínai céggel építtetiné meg a magyar kormány a Budapestre tervezett kínai magánegyetem 500 milliárd forintos kampuszát. A világ 34. legjobb egyetemeként számon tartott Fudan első külföldi intézménye a tervezett ferencvárosi Diákváros területén épülne, amit a főváros, és a kerület vezetése sem támogat. A kormány azonban azt ígéri, lesz Fudan egyetem és Diákváros is.
Június közepén az Országgyűlés elfogadta az úgynevezett gyermekvédelmi törvénycsomagot, amely szigorítja a gyermekpornográfia elkövetőinek büntetését. A jogszabály kiegészítése előírja, hogy az iskolai szexuális felvilágosítás nem irányulhat a nem megváltoztatására és a homoszexualitás népszerűsítésére. A törvény tiltja olyan hirdetések és pornográf tartalmak elérhetővé tételét is 18 év alattiak számára, amelyek öncélúan ábrázolják a szexualitást. A jogszabályt számos érdekvédő szervezet, és az ellenzéki pártok nagy része is homofóbnak minősítette. A Jobbik azonban megszavazta a törvényt. A törvény nemzetközi tiltakozást is kiváltott: 13 uniós ország a rendelkezést elítélő nyilatkozatot írt alá. A miniszterelnök szerint azonban a jogszabály egyedül a magyar gyermekek megvédéséről szól.
Júniusban jelentette be a kormány, hogy engedélyezték Magyarországon a 12-16 év közöttiek koronavírus elleni oltását. Augusztus 1-jétől azt is lehetővé tették, hogy a kétszer oltottak felvegyék a koronavírus elleni vakcina harmadik, emlékeztető dózisát. Decemberben elindult az 5 és 12 év közötti gyerekek oltása is.
Július közepén egy nemzetközi tényfeltáró újságírói együttműködés nyilvánosságra hozta, hogy a magyar kormány a mobiltelefonok feltörésére alkalmas izraeli Pegasus kémszoftver segítségével újságírókat, politikusokat, üzletembereket figyelt meg. A kormány azt közölte: a nemzetbiztonsági szolgálatok illegális megfigyelést nem folytattak, a hatályos jogszabályokat betartották, a szoftver megvásárlását azonban nem ismerték el. Novemberben aztán az Országgyűlés nemzetbiztonsági bizottságának fideszes elnöke, Kósa Lajos megerősítette, hogy a Belügyminisztérium megvette a kémprogramot.
Július 21-én Orbán Viktor miniszterelnök bejelentette: a kormány gyermekvédelmi népszavazást kezdeményez öt kérdésben. Az Országgyűlés novemberben el is rendelte a referendumot. Ugyancsak július 21-én Karácsony Gergely budapesti főpolgármester is bejelentette: öt kérdésben kezdeményez népszavazást, az NVB ezek közül végül kettőt hitelesített: a Fudan Egyetemről és az álláskeresési járadék 270 napra növeléséről decemberben az aláírásgyűjtés is elindult.
Július végén kötelezővé tették a koronavírus elleni védőoltás felvételét az egészségügyi dolgozók számára. Októberben a kormány úgy döntött: a munkaadók előírhatják dolgozóiknak a vakcinát. Az állam mint munkaadó is kötelezővé tette a vakcinát, így például a pedagógusoknak és a köztisztviselőknek is fel kell venniük. Aki nem teszi meg, azt jövő év elejétől fizetés nélküli szabadságra küldik.
Szeptember elején Budapesten rendezték meg az 52. Nemzetközi Eucharisztikus Kongresszust, a zárómisét Ferenc pápa pontifikálta a Hősök terén, ahol magyarul is szólt az összegyűltekhez. A pápa rövid látogatása során találkozott Áder János köztársasági elnökkel és Orbán Viktor miniszterelnökkel is.
Szeptember végén a csaknem 1500 programot kínáló Vadászati Világkiállítás zajlott a fővárosban, amire több mint 70 milliárd forint közpénzt fordítottak.
Szeptember 18. és 28. között rendezték meg az ellenzéki előválasztás első fordulóját. A legtöbb egyéni jelöltje a Demokratikus Koalíciónak lett, a miniszterelnök-jelöltek versenyének első körét pedig a párt jelöltje, Dobrev Klára nyerte. Az újabb fordulóba Karácsony Gergely budapesti főpolgármester és Márki-Zay Péter hódmezővásárhelyi polgármester, a Mindenki Magyarországa Mozgalom jelöltje is bejutott. Karácsony Gergely és Márki-Zay Péter többször tárgyalt a visszalépésről, és a közös indulásról is, végül a főpolgármester állt el a versenytől. Az előválasztás október 10–16-i második fordulójának győztese Márki-Zay Péter lett, ő az ellenzék közös miniszterjelöltje.
A rossz előválasztási szereplése miatt a Momentum megvonta a bizalmat Fekete-Győr András pártelnöktől. A párt új vezetője Donáth Anna EP-képviselő lett.
Október 23-án újra békemenetet tartottak a fővárosban, több tízezer ember részvételével. Az ellenzék a Hősök terénél tartott rendezvényt, jóval kisebb tömeg előtt
Ősztől ismét emelkedni kezdtek a koronavírusos esetek, elindult a negyedik járványhullám, már a kórokozó delta variánsa volt a domináns. A kormány november 1-jétől szigorított először: kötelező lett a maszkviselés a tömegközlekedési eszközökön, látogatási tilalmat vezettek be az egészségügyi és szociális intézményekben. November 19-én regisztrálták az eddigi legtöbb napi fertőzöttet: 11 289 új esetet. A napi halálozások ekkor már 100 felett voltak, a kórházban ápoltak száma meghaladta a 6000-et, a lélegeztetőgépen lévőké a 600-at. A kormány november 20-tól elrendelte a zárt terekben a kötelező maszkhasználatot. Egyéb szigorító intézkedést nem vezettek be, november 22-én azonban oltási akcióhetet hirdettek, amit december 12-ig meghosszabbítottak, ezalatt előzetes regisztráció és időpontfoglalás nélkül lehetett felvenni a vakcinákat. Az akció során összesen 1,3 millióan kérték a védőoltást. Azóta megjelent Magyarországon a legújabb omikron nevű vírusvariáns is.
Novemberben pattant ki a Városháza-ügy is. Több médium is kapott felvételeket, amelyeken egy Anonymus-álarcos alak arról árul el részleteket, hogyan akarta eladni a főváros vezetése a budapesti Városháza épületét. A főpolgármester írásbeli fegyelmit adott az ügy miatt a Fővárosi Vagyonkezelő Központ már a Tarlós-érában is dolgozó vezérigazgatójának. A főváros vezetése feljelentést tett, és lejáratásnak nevezte az esetet, de a rendőrséghez fordult a Fidesz is. Decemberben a rendőrség házkutatást tartott a Városházán, és lefoglalta KIss Ambrus főpolgármester-helyettes számítógépét. A főpolgármester ezt példátlan támadásnak nevezte. A Fővárosi Közgyűlés vizsgálóbizottságot állított fel az ügyben, az elnöke, a fideszes Kovács Péter szerint a városvezetés csak el akarja tussolni az ügyet.
December 7-én lemondott Völner Pál, az Igazságügyi Minisztérium miniszterhelyettese, miután a Legfőbb Ügyészség bűnszövetségben, üzletszerűen és folytatólagosan elkövetett hivatali vesztegetéssel gyanúsította meg. Az ügyészség szerint a volt államtitkár három éven keresztül összesen 83 millió forint kenőpénzt fogadott el a végrehajtói kamara korábban letartóztatott elnökétől. A vádhatóság szerint Völner Pál a kenőpénzért cserébe elérte például, hogy azokat a személyeket nevezzék ki végrehajtónak, akiket a kar elnöke támogatott. A politikus mentelmi jogát december 14-én felfüggesztette az Országgyűlés, az exállamtitkár szabadlábon védekezhet. Völner Pál közölte: nem követett el bűncselekményt, és együttműködik a hatóságokkal.