Kovács Tamást 1968-ban nevezték ki katonai ügyésszé a Szegedi Katonai Ügyészséghez. 1983-ban a Katonai Főügyészség főügyészségi ügyésze, majd 1986-ban a Budapesti Katonai Ügyészség vezető ügyésze, míg 1989-ben a Katonai Főügyészség főosztályvezető ügyésze lett. 1990-től 2006 októberéig a legfőbb ügyész helyettese és katonai főügyész volt, vezérőrnagyi, majd 1994-től altábornagyi rangban.
Az Országgyűlés 2006. október 9-én legfőbb ügyésszé választotta, amely posztot a hetvenedik életévéig, 2010. december 13-áig töltötte be.
Kovács Tamás nyugállományba vonulása után az Országos Kriminológiai Intézet igazgatói szakmai főtanácsadója volt.
A köztársasági elnök 1998-ban a Magyar Köztársasági Érdemrend középkeresztjével tüntette ki. Kovács Tamás - több külföldi díja mellett - a legmagasabb jogászi és katonai elismeréseket - a Kozma Sándor-díjat, a Finkey Ferenc-díjat, a Hunyadi János-díjat, a Szalay László-emlékérmet, a "Pro Facultate" érdemérmet, "A jog szolgálatában" kitüntető címet - is kiérdemelte.
Kovács Tamás nyugalmazott legfőbb ügyészt az ügyészi szervezet a saját halottjának tekinti.