Kovács Béla a vád szerint 2012 és 2014 között, már jobbikos európai parlamenti képviselőként orosz hírszerzőknek adott át információkat a többi között energetikai ügyekben, az európai parlamenti választásokról, a magyarországi belpolitikai helyzetről és a paksi atomerőmű bővítéséről, azzal a céllal, hogy az Európai Parlament unió-ellenes tábora révén belülről bomlasszák az Európai Közösségek intézményeit és előtérbe helyezzék az orosz érdekeket. Erről a Budapest Környéki Törvényszéken – ahol a politikus büntetőpere kezdődött – Kovács Béla a következőket mondta az őt váró újságíróknak:
"ez hülyeség. Tehát én erre mást nem tudok mondani. Tehát ekkora marhaságot én még az életben nem hallottam."
Arra az újságírói kérdésre, hogy találkozott-e kémekkel, Kovács Béla azt mondta: nem tudja, munkájából fakadóan nagyon sok emberrel találkozik, és senkinek nincs a homlokára írva, hogy elhárító vagy felderítő lenne.
Hozzátette: a lelkiismerete tiszta, bízik abban, hogy kiderül az igazság.
Emellett az Európai Csalás Elleni Hivatal vizsgálata nyomán azzal is vádolják a politikust, hogy három társával összesen több mint 21 ezer euró (tehát több mint hatmillió forint) vagyoni hátrányt okozott az EP-nek 2012-2013-ban fiktív, érdemi munkavégzés nélküli gyakornoki állásokkal. Ennek kapcsán Kovács Béla azzal védekezett, hogy az összeg jóval kisebb a vádiratban megjelöltnél, egyébként is visszafizette.
Kovács Béla 2010 májusa óta európai parlamenti képviselő. Az Alkotmányvédelmi Hivatal 2014 áprilisában tett feljelentést az EU intézményei elleni kémkedés miatt, mire a legfőbb ügyész 2014 májusában indítványozta, hogy az EP függessze fel Kovács Béla mentelmi jogát, ami 2015 októberében meg is történt. A Központi Nyomozó Főügyészség 2017 decemberében emelt ellene vádat, Kovács Béla akkor jelentette be, hogy kilép a Jobbikból.
A politikus és a költségvetési csalás miatt megvádolt három társa szabadlábon védekezik. A következő tárgyalás szeptemberben lesz, az elsőfokú ítélet pedig jövőre várható.