Az újjáépítés során felújították a homlokzatot, a tetőszerkezetet és a lépcsősort, emellett belsőépítészeti, épületgépészeti és biztonságtechnikai fejlesztéseket is végrehajtottak. A padlásrészben és pincében régészeti raktárt, műhelyeket, tárolókat alakítottak ki.
Kovács Tibor főigazgató ünnepi köszöntőjében a magyar klasszicista építészet egyik legnagyszerűbb alkotásának nevezte a múzeumot, és hangsúlyozta, hogy újabb fejlesztéseket terveznek az intézményben.
A főigazgató elmondta, hogy a tervek szerint a jövőben megújulhat a múzeum kertje és a teljes pincerendszer, valamint lefedhetik a déli udvarrészt.
Rezi Kató Gábor főigazgató-helyettes korábban azt mondta: a rekonstrukció legfontosabb célja az volt, hogy az eredeti épület modern környezetbe kerüljön, amely alkalmas a látogatók fogadására, és a tudományos munka kiszolgálására is.